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Table 5 HPV58 LCR nucleotide variant sites and pattern number

From: Genetic variability, phylogeny and functional implication of the long control region in human papillomavirus type 16, 18 and 58 in Chengdu, China

Nucleotide Positon

7147

7148

7154

7175

7186

7188

7194

7199

7207

7211

7257

7265

7266

7279

7280

7284

7304

7313

7376

7421

7431

7435

7464

7522

7525

7540

7619

7621

7673

7714

7730

7745

7749

7755

7779

7791

7793

18

20

30

31

33

36

52

53

54

62

65

86

88

92

97

102

Pattern

G

G

A

T

A

G

G

C

T

G

T

C

C

-

C

A

A

A

G

T

A

T

T

A

A

G

A

A

A

C

G

C

A

A

T

A

A

C

C

T

G

T

C

T

G

C

G

T

T

G

C

G

No.

amount

HPV58 NC01

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

+

-

G

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

G

-

-

C

-

-

-

C

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

1

1

HPV58 NC02

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

2

1

HPV58 NC03

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

3

16

HPV58 NC04

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

4

3

HPV58 NC07

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

5

1

HPV58 NC08

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

6

6

HPV58 NC10

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

7

2

HPV58 NC11

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

8

4

HPV58 NC12

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

9

1

HPV58 NC16

-

-

-

-

C

-

-

T

A

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

G

-

C

-

-

-

-

-

-

A

C

-

-

G

-

-

-

-

G

-

-

-

T

-

A

A

-

-

-

-

T

-

10

1

HPV58 NC17

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

11

5

HPV58 NC20

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

12

1

HPV58 NC23

-

-

-

-

C

-

-

T

A

-

G

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

C

-

G

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

T

-

A

-

-

-

-

-

-

-

13

2

HPV58 NC26

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

G

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

14

3

HPV58 NC29

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

+

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

15

3

HPV58 NC33

T

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

+

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

A

-

-

G

-

-

-

-

16

1

HPV58 NC34

T

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

+

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

17

1

HPV58 NC35

T

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

+

-

G

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

G

-

-

C

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

18

1

HPV58 NC37

T

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

+

-

G

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

G

-

-

C

C

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

19

1

HPV58 NC41

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

20

1

HPV58 NC46

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

21

1

HPV58 NC49

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

22

1

HPV58 NC50

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

23

1

HPV58 NC52

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

C

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

C

-

-

T

-

-

24

1

HPV58 NC53

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

25

1

HPV58 NC56

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

26

1

HPV58 NC57

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

27

1

HPV58 NC59

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

28

1

HPV58 NC61

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

29

1

HPV58 NC63

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

30

1

HPV58 NC65

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

31

1

  1. Same nucleotides compared to the reference sequence were marked with a dash (-). N noted novel variants of this study. + present the insert (CTTGTCAGTTTC) between 7279 and7280. We gave a specific pattern No. to identical LCR sequence. The sample amounts of each pattern were listed at last column
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Virology Journal

ISSN: 1743-422X