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Table 5 HPV58 LCR nucleotide variant sites and pattern number

From: Genetic variability, phylogeny and functional implication of the long control region in human papillomavirus type 16, 18 and 58 in Chengdu, China

Nucleotide Positon 7147 7148 7154 7175 7186 7188 7194 7199 7207 7211 7257 7265 7266 7279 7280 7284 7304 7313 7376 7421 7431 7435 7464 7522 7525 7540 7619 7621 7673 7714 7730 7745 7749 7755 7779 7791 7793 18 20 30 31 33 36 52 53 54 62 65 86 88 92 97 102 Pattern
G G A T A G G C T G T C C - C A A A G T A T T A A G A A A C G C A A T A A C C T G T C T G C G T T G C G No. amount
HPV58 NC01 - - - - - - C - - - - - - + - G - - - - - - - C - - - - C - - - G - - C - - - C - - T - - - - - - - - - 1 1
HPV58 NC02 - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - 2 1
HPV58 NC03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3 16
HPV58 NC04 - - - - - - - - - - - G T - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - 4 3
HPV58 NC07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - 5 1
HPV58 NC08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - 6 6
HPV58 NC10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 7 2
HPV58 NC11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 8 4
HPV58 NC12 - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 9 1
HPV58 NC16 - - - - C - - T A - - - - - G - - - - - G - C - - - - - - A C - - G - - - - G - - - T - A A - - - - T - 10 1
HPV58 NC17 - - - - - - - - - - - G T - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 11 5
HPV58 NC20 - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 12 1
HPV58 NC23 - - - - C - - T A - G - - - - - C - - - - - C - G A - - - - - - - - - - - - G - - - T - A - - - - - - - 13 2
HPV58 NC26 - - - - - A - - - - - G T - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - 14 3
HPV58 NC29 - - - - - - C - - - - - - + - G - - - - - - - - - - - - C - - - G - - - - - - - - - T - - - - - - - - - 15 3
HPV58 NC33 T - - - - - C - - - - - - + - G - - - - - - - - - - - - C - - - G - - - - - - - - - T - A - - G - - - - 16 1
HPV58 NC34 T - - - - - C - - - - - - + - G - - - - - - - - - - - - C - - - G - - - - - - - - - T - - - - - - - - - 17 1
HPV58 NC35 T - - - - - C - - - - - - + - G - - - - - - - C - - - - C - - - G - - C - - - - - - T - - - - - - - - - 18 1
HPV58 NC37 T - - - - - C - - - - - - + - G - - - - - - - C - - - - C - - - G - - C C - - - - - T - - - - - - - - - 19 1
HPV58 NC41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - G - G - - - - - - - - - - - - - - 20 1
HPV58 NC46 - C - - - - - - - - - G T - - - - - - - - - G - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 21 1
HPV58 NC49 - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 22 1
HPV58 NC50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - G - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - 23 1
HPV58 NC52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A C - - - - T C - - - - C - - T - - 24 1
HPV58 NC53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 25 1
HPV58 NC56 - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - 26 1
HPV58 NC57 - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - 27 1
HPV58 NC59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - A 28 1
HPV58 NC61 - - - - - - - - - - - - T - - - - - - G - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 29 1
HPV58 NC63 - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - - 30 1
HPV58 NC65 - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 31 1
  1. Same nucleotides compared to the reference sequence were marked with a dash (-). N noted novel variants of this study. + present the insert (CTTGTCAGTTTC) between 7279 and7280. We gave a specific pattern No. to identical LCR sequence. The sample amounts of each pattern were listed at last column
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Virology Journal

ISSN: 1743-422X