Genes | Modela | ℓ | Parameter estimatesb | Sites with ω2a changed on the KM branchc |
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2C | H0 | −6933.9 | p0 = 0.88, p1 = 0.01, p2a = 0.11, p2b = 0.00 | 260 V, 307 L, 312 T, 319I, 321R |
Background: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 0.01, ω2b = 1.00 | ||||
Foreground: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 1.00, ω2b = 1.00 | ||||
 | H1 | −6933.9 | p0 = 0.88, p1 = 0.01, p2a = 0.11, p2b = 0.00 |  |
Background: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 0.01, ω2b = 1.00 | ||||
Foreground: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 1.00, ω2b = 1.00 | ||||
3AB | H0 | −2348.1 | p0 = 0.52, p1 = 0.01, p2a = 0.47, p2b = 0.00 | 15D, 16 T, 29 L, 41 K, 55D |
Background: ω0 = 0.02, ω1 = 1.00, ω2a = 0.02, ω2b = 1.00 | ||||
Foreground: ω0 = 0.02, ω1 = 1.00, ω2a = 1.00, ω2b = 1.00 | ||||
 | H1 | −2348.1 | p0 = 0.52, p1 = 0.01, p2a = 0.47, p2b = 0.00 |  |
Background: ω0 = 0.02, ω1 = 1.00, ω2a = 0.02, ω2b = 1.00 | ||||
Foreground: ω0 = 0.02, ω1 = 1.00, ω2a = 1.00, ω2b = 1.00 | ||||
3C | H0 | −3919.5 | p0 = 0.85, p1 = 0.01, p2a = 0.15, p2b = 0.00 | 3P, 16G, 52H, 84 M, 98S |
Background: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 0.01, ω2b = 1.00 | ||||
Foreground: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 1.00, ω2b = 1.00 | ||||
 | H1 | −3919.2 | p0 = 0.93, p1 = 0.01, p2a = 0.06, p2b = 0.00 |  |
Background: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 0.01, ω2b = 1.00 | ||||
Foreground: ω0 = 0.01, ω1 = 1.00, ω2a = 3.31, ω2b = 3.31 |