Skip to main content

Table 3 ZIKV codon usage

From: Nucleotide composition of the Zika virus RNA genome and its codon usage

AA Codona Number Proportion 4-groupa 6-group1a G/A U/C | AA Codona Number Proportion 4-groupa 6-groupa G/A U/C
Ala GCG 30 0.11 C > A > U > G     | Asn AAU 36 0.35     C > U
  GCA 80 0.28      |   AAC 68 0.65     
  GCU 77 0.27      | Pro CCG 11 0.08 A > C > U > G    
  GCC 96 0.34      |   CCA 65 0.46     
Cys UGU 35 0.55     U > C |   CCU 28 0.2     
  UGC 29 0.45      |   CCC 38 0.27     
Asp GAU 61 0.4     C > U | Gln CAG 38 0.5    G = A  
  GAC 93 0.6      |   CAA 38 0.5     
Glu GAG 115 0.52    G > A   | Arg AGG 57 0.26   A > G   
  GAA 107 0.48      |   AGA 93 0.42     
Phe UUU 45 0.49     C = U |   CGG 21 0.1   C > G > U > A   
  UUC 46 0.51      |   CGA 11 0.05     
Gly GGG 67 0.22 A > G > C > U     |   CGU 14 0.06     
  GGA 150 0.49      |   CGC 24 0.11     
  GGT 40 0.13      | Ser AGU 36 0.18   C = U   
  GGC 51 0.17      |   AGC 38 0.19     
His CAU 34 0.46     C > U |   UCG 18 0.09   A > U > C > G   
  CAC 40 0.54      |   UCA 50 0.25     
Ile AUA 51 0.29      |   UCU 29 0.15     
  AUU 46 0.26      |   UCC 28 0.14     
  AUC 78 0.45      | Thr ACG 20 0.09 A > C > U > G    
Lys AAG 111 0.59    G > A   |   ACA 91 0.4     
  AAA 77 0.41      |   ACU 53 0.23     
Leu UUG 69 0.22   G > A    |   ACC 62 0.27     
  UUA 20 0.06      | Val GUG 115 0.42 G > C > U > A    
  CUG 94 0.3   G > C > U > A    |   GUA 31 0.11     
  CUA 31 0.1      |   GUU 55 0.2     
  CUU 46 0.15      |   GUC 70 0.26     
  CUC 53 0.17      | Trp UGG 92 1     
Met AUG 130 1      | Tyr UAU 38 0.44     C > U
      |   UAC 49 0.56     
  1. aCpG and UpA in bold/underlined