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Table 3 Alignment of HN amino acid sequences of recent Taiwanese isolates and previously published virus strains was performed using the DNASTAR software

From: Characterization of emerging Newcastle disease virus isolates in China

 

Amino acid residues

Strains

HR-A 74-89

HR-B 96-110

Clone 30

L

G

S

N

Q

D

V

V

D

R

I

Y

K

Q

V

A

L

L

N

T

E

T

T

I

M

N

A

I

 

S

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B1

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LaSota

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K

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Mukteswar

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S

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Herts/33

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S

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V

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NL/152608/93

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S

I

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chicken/Kudus/018/10

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S

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S

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I

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M

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chicken/Sweden/97

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S

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S

I

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Sterna/Astr/2755/2001

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S

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I

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S

I

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TW-99-175

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S

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S

I

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XJ-2/97

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S

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S

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S

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JS/1/97/Go

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S

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S

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S

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BP01

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S

I

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JS/5/06/Go

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S

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S

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I

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S

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HA-14-07-Ch

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S

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JSD0812

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sh09

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S

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chicken/China/JSX1/2010

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S

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S

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S

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JS-12-11-Ch

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S

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S

I

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NDV/Chicken/TC/1/2011

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S

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S

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S

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NDV/Chicken/TC/2/2011

.

S

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S

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I

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S

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NDV/Chicken/TC/3/2011

.

S

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S

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S

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.

 

NDV/Chicken/TC/4/2011

.

S

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S

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I

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S

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.

 

NDV/Chicken/TC/5/2011

.

S

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S

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S

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NDV/Chicken/TC/6/2011

.

S

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S

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I

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S

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.

 

NDV/Chicken/TC/7/2011

.

S

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S

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I

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S

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NDV/Chicken/TC/8/2011

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S

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S

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S

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NDV/Chicken/TC/9/2011

.

S

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S

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S

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PX2/03

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S

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S

I

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Chicken/China/Hebei/02/2012

.

S

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S

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I

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S

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Shangdong/02/2012

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S

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G

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S

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YZCQ/Liaoning/08

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S

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S

M

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Beijing/01/2012

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S

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S

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S

V

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SD-02-11-Ch

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G

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S

V

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Ch/SD672/12

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G

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S

V

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.

 

Ch/SD754/12

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S

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G

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I

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S

V

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Ch/SD755/12

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S

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G

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S

V

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Ch/SD758/12

.

S

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S

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Ch/SD01/13

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G

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I

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S

V

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TW/99-156B

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TW-02-301

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S

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S

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TW-02-302

.

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M

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S

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TW-04-CB8

.

S

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S

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M

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S

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TW/08-02

.

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S

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M

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S

I

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.

.

 
 

Amino acid residues

Strains

Site 23

 

Site 1 and 14

Site 12

Site 2 and 12

Site 2

Clone 30

193-201

 

345-355

494

513-521

569

 

L

S

G

C

R

D

H

S

H

P

D

E

Q

D

Y

Q

I

R

M

A

 

G

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T

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S

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B1

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LaSota

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Mukteswar

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Herts/33

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NL/152608/93

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D

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V

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chicken/Kudus/018/10

.

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N

chicken/Sweden/97

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D

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V

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Q

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A

Sterna/Astr/2755/2001

.

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TW-99-175

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G

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XJ-2/97

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JS/1/97/Go

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G

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BP01

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JS/5/06/Go

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G

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HA-14-07-Ch

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G

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JSD0812

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D

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V

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sh09

.

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.

 

D

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V

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.

chicken/China/JSX1/2010

.

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G

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H

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D

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JS-12-11-Ch

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D

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NDV/Chicken/TC/1/2011

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R

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H

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D

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N

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NDV/Chicken/TC/2/2011

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R

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H

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D

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V

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N

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NDV/Chicken/TC/3/2011

.

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R

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H

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D

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V

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N

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NDV/Chicken/TC/4/2011

.

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R

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H

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D

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NDV/Chicken/TC/5/2011

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H

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D

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V

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N

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NDV/Chicken/TC/6/2011

.

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R

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H

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D

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V

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N

L

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NDV/Chicken/TC/7/2011

.

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R

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H

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D

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V

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NDV/Chicken/TC/8/2011

.

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R

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H

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D

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V

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N

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NDV/Chicken/TC/9/2011

.

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R

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H

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D

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N

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PX2/03

.

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D

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V

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Chicken/China/Hebei/02/2012

.

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D

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V

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Shangdong/02/2012

.

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K

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D

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V

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YZCQ/Liaoning/08

.

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K

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.

 

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Beijing/01/2012

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SD-02-11-Ch

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Ch/SD754/12

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Ch/SD01/13

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TW/99-156B

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TW-04-CB8

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TW/08-02

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  1. Residues that are identical to the NDV Clone 30 strain are indicated by a dot (.). The hepta repeated HR-A and HR-B (amino acid residues 74 to 110) and C-terminal extension are indicated above the amino acid sequences. Five antigenic sites on HN protein of NDV, including residues 193–201 (site 23), 345–355 (sites 1 and 14) and a C-terminal domain composed of residues 494 (sites 12), 513-521(sites 12 and 2), and 569 (sites 2) are shown [5]. NL/152608/93: APMV-1/ chicken/NL/ 152608/93; Hebei/01/2012: chicken/China/ Hebei/01/2012; Shandong/ 02/2012: chicken/China/Shandong/02/2012; Beijing/01/2012: chicken/China/ Beijing/01/2012
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Virology Journal

ISSN: 1743-422X