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Table 3 Alignment of HN amino acid sequences of recent Taiwanese isolates and previously published virus strains was performed using the DNASTAR software

From: Characterization of emerging Newcastle disease virus isolates in China

  Amino acid residues
Strains HR-A 74-89 HR-B 96-110
Clone 30 L G S N Q D V V D R I Y K Q V A L L N T E T T I M N A I   S L  
B1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  
LaSota . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . . . . . . . . . . .  
Mukteswar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
Herts/33 . S . . . . . . . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
NL/152608/93 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
chicken/Kudus/018/10 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S M . . . . . . . .  
chicken/Sweden/97 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
Sterna/Astr/2755/2001 . . . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
TW-99-175 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
XJ-2/97 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
JS/1/97/Go . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
BP01 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
JS/5/06/Go . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
HA-14-07-Ch . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
JSD0812 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
sh09 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
chicken/China/JSX1/2010 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
JS-12-11-Ch . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/1/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/2/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/3/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/4/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/5/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/6/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/7/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/8/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
NDV/Chicken/TC/9/2011 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S . . . . . . . . .  
PX2/03 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
Chicken/China/Hebei/02/2012 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
Shangdong/02/2012 . S . G . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
YZCQ/Liaoning/08 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S M . . . . . . . .  
Beijing/01/2012 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
SD-02-11-Ch . S . G . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
Ch/SD672/12 . S . G . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
Ch/SD754/12 . S . G . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
Ch/SD755/12 . S . G . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
Ch/SD758/12 . S . S . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
Ch/SD01/13 . S . G . . . I . . . . . . . . . . . . . S V . . . . . . . .  
TW/99-156B - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  
TW-02-301 . S . S . . . M . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
TW-02-302 . S . S . . . M . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
TW-04-CB8 . S . S . . . M . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
TW/08-02 . S . S . . . M . . . . . . . . . . . . . S I . . . . . . . .  
  Amino acid residues
Strains Site 23   Site 1 and 14 Site 12 Site 2 and 12 Site 2
Clone 30 193-201   345-355 494 513-521 569
  L S G C R D H S H P D E Q D Y Q I R M A   G R I T R V S   S S D
B1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   . . . . . . . . . . .
LaSota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   . . . . . . . . . . .
Mukteswar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . . . . . . . . . G
Herts/33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . . . . . . . R . .
NL/152608/93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
chicken/Kudus/018/10 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . N
chicken/Sweden/97 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . Q . . . . . A
Sterna/Astr/2755/2001 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . V
TW-99-175 . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
XJ-2/97 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
JS/1/97/Go . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
BP01 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
JS/5/06/Go . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
HA-14-07-Ch . . D . . . . . . . . G . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
JSD0812 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
sh09 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
chicken/China/JSX1/2010 . . . . . . . . . . . G . . H . . . . .   D . V . . . . . . . .
JS-12-11-Ch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
NDV/Chicken/TC/1/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/2/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/3/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/4/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/5/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/6/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/7/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/8/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
NDV/Chicken/TC/9/2011 . . . . . . . . . . . R . . H . . . . .   D . V . . . N L . . .
PX2/03 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Chicken/China/Hebei/02/2012 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Shangdong/02/2012 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
YZCQ/Liaoning/08 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Beijing/01/2012 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
SD-02-11-Ch . . . . G . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Ch/SD672/12 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Ch/SD754/12 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Ch/SD755/12 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Ch/SD758/12 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
Ch/SD01/13 . . . . . . . . . . . K . . . . . . . .   D . V . . . . . . . .
TW/99-156B - - - - - - - - - . . G H . . . . . - - - - - - - - - - - - - -
TW-02-301 . . . . K . . L . . . G . . . . T . . .   D . V . . . . . . . .
TW-02-302 . . . . K . . . . . . G . . . . T . . .   D . V . . . . . . . .
TW-04-CB8 . . . . K . . . . . . G . . . . T . . .   D . V . . . . . . . .
TW/08-02 . . . . . . . . . . . G . . . . T . . .   D . V . . . . . . . .
  1. Residues that are identical to the NDV Clone 30 strain are indicated by a dot (.). The hepta repeated HR-A and HR-B (amino acid residues 74 to 110) and C-terminal extension are indicated above the amino acid sequences. Five antigenic sites on HN protein of NDV, including residues 193–201 (site 23), 345–355 (sites 1 and 14) and a C-terminal domain composed of residues 494 (sites 12), 513-521(sites 12 and 2), and 569 (sites 2) are shown [5]. NL/152608/93: APMV-1/ chicken/NL/ 152608/93; Hebei/01/2012: chicken/China/ Hebei/01/2012; Shandong/ 02/2012: chicken/China/Shandong/02/2012; Beijing/01/2012: chicken/China/ Beijing/01/2012