Skip to main content

Table 3 Re-annotation of FV3, TFV, and ATV of the Ranavirus genus

From: Comparative genomic analysis of the family Iridoviridae: re-annotating and defining the core set of iridovirus genes

FV3a Start Stopc aad TFVa Start Stopc aad ATVa Start Stopc aad
1R 272 1042 256 105R 103809 104576 256 91R 104836 105606 256
2L 2611 1649 320 2L b 1028 315/11 237 1L 981 70 303
2.5L 3488 2649 279 2.5L 1943 1065 292 2L 1858 1019 279
3R 3418 4734 438 4R 1937 3151 404 3R 1892 3106 404
4R 4775 4957 60 5R 3190 3372 60 4R 3149 3331 60
5R 5390 6004 204 6R 3816 4418 200 - - - -
6R 6007 6234 75 - - - - - - - -
- - - - 6.5R 4411 4578 55 - - - -
7.5L 7025 7411 128 7L 5452 5024 142 5L 4416 3994 140
8R 7503 11384 1293 8R 5531 9415 1294 6R 4495 8379 1294
9L 14599 11753 948 9L 12599 9753 948 7L 11725 8879 948
10R 14615 15028 137 10R 12615 13028 137 8R 11741 12154 137
11R 15378 15590 70 11R 13380 13592 79 88L 102924 102712 70
12L 16549 15656 297 12L 14551 13658 297 87R 101753 102646 297
- - - - 13L 14947 14747 66 86R 101169 101363 64
13R 17090 17296 68 14.5R b 15041 15184/15247 47 85.5L 101128 100871 85
14R 17311 17670 119 15R 15261 15620 119 84L 100856 100482 124
15R 17766 18734 322 16R 15716 16663 315 83R 100400 99474 308
16R 19014 19841 275 17R 16838 17665 275 82.5L 98809 98438 123
17L 21590 20082 502 18L 19414 17906 502 81R 96410 97918 502
18L 21864 21628 78 18.5L 19687 19451 78 80.5R 96137 96373 78
19R 21916 24471 851 19R 19686 22271 861 80L 96083 94086 665
20R 24519 24965 148 20R 22319 22774 151 79L 94038 93589 149
21L 25861 25202 219 21L 23657 23998 219 78R 92383 93042 219
22R 25991 28912 973 22R 23789 26716 975 77L 92253 89326 975
23R 29290 30438 382 23R 27093 28241 382 53R 58082 59230 382
24R 30821 31918 365 24R 28636 29733 365 54R 59613 60710 365
25R 32112 32900 262 25R 29930 30709 259 55R 62328 63335 335
- - - - 26R 30778 30936 52 56R 63402 63500 32
26R b 32967 33197 76 27R 31033 31812 259 57R 63659 64438 259
- - - - 28L 32190 32002 62 - - - -
27R 33728 36640 970 29R 32345 35257 970 58R 64968 67880 970
28R 36689 37177 162 30R 35306 35794 162 59R 67929 68417 162
29L 37652 37356 98 31L 36122 35823 99 - - - -
30R 37854 38006 50 - - - - - - - -
31R 38068 38487 139 32R 36565 36984 139 60R 68786 69205 139
32R 38537 40426 629 33R 37098 39047 649 61R 69255 71471 738
33R 40509 40700 63 34R 39133 39324 63 62R 71555 71746 63
34R 40844 41164 106 35.5R 39467 39787 106 62.5R 71894 72235 113
35L 41717 41256 153 37L 40308 39772 178 63L 72576 72220 118
36L 42353 41256 365 38.5L b 40938 40543/40367 131 - - - -
- - - - 39R 41112 41246 44 - - - -
37R 42749 43378 209 40R 41296 41952 218 64R 74110 74739 209
38R 43519 45216 565 41R 42091 43788 565 65R 74878 76575 565
39R 45322 45672 116 42R 43899 44249 116 66R 76682 76948 88
40R 45761 46309 182 43R 44335 44883 182 67R 77048 77671 207
- - - - 44R 44973 45239 88 68R 77899 78039 46
41R 46691 50188 1165 45R 45270 48767 1165 69R 78111 81608 1165
43.5L b 50940 51455/5684 171 46L 50362 49133 409 70L 82913 82152 253
45L 52348 51938 136 47L 50899 50489 136 71L 83450 83040 136
46L 52968 52723 81 48L 51411 50953 152 72L 84331 83504 275
47L 53509 53093 138 49L 51953 51537 138 73L 84874 84458 138
48L 53763 53512 83 50L 52207 51956 83 74L 85187 84804 127
49L 54621 53872 249 51L 52899 52315 194 75L 86776 85235 513
50L 55459 54770 229 52L 53876 53136 246 - - - -
51R 55539 57224 561 53R 53956 55641 561 76R 86858 88543 561
52L 58548 57481 355 54L 56965 55898 355 52R 57441 57602 53
53R 58886 60454 522 55R 57301 58869 522 51L 57102 55522 526
54L 60899 60669 76 - - - - - - - -
55L 62232 60937 431 56L 60615 59320 431 50R 53770 55065 431
- - - - 57L 60772 60623 49 49R 53613 53762 49
56R 62320 62757 145 58R 60809 61213 134 48L 53576 53172 134
57R 62871 64367 498 59R 61254 62750 498 47L 53130 51634 498
- - - - 60L 62888 62757 43 - - - -
58.5R 64819 65373 184 61R 63264 63818 184 46L 50770 50216 184
59L 67014 65956 352 62L 65445 64387 352 45R 48676 49734 352
60R 67176 70217 1013 63R 65605 68646 1013 44L 48512 45471 1013
61L 70408 70226 60 - - - - - - - -
- - - - 64R 69029 69151 40 - - - -
62L 74516 70851 1221 65L 72940 69281 1219 43R 41447 45112 1221
62.5R 74515 74778 87 66.5R 72927 73202 91 42.5L 41460 41185 91
63R 74895 75389 164 68R 73319 73813 164 42L 41068 40631 145
64R 75529 75816 95 69.5R 73946 74209 87 40L 40492 40205 95
65L 76373 76209 54 - - - - - - - -
66L 76921 76370 183 70.5L 75301 74685 204 38.5R 39094 36681 195
67L 78139 76976 387 71L 76525 75362 387 38R 37876 39039 387
68R 78422 78709 95 72R 76785 76982 65 37bL 37592 37416 58
- - - - 73L 77175 77020 51 36R 36736 36891 51
69R 78845 79111 88 74R 77244 77507 88 35L 36677 36411 88
70R 79129 79503 124 75R 77507 77902 131 34.5L 36392 36018 124
71R 79543 79776 77 76R 77942 78175 77 34L 35978 35742 78
72L 80549 79833 238 77L 78948 78232 238 32R 34970 35293 107
73L 81971 80997 324 78L 80299 79325 324 31R 33319 34311 330
74L 83258 82146 370 79L 81498 80506 330 30R 31947 33128 393
75L 83544 83290 84 80L 81809 81555 84 29R 31637 31891 84
76R 83607 83828 73 81R 81872 82093 73 28L 31574 31353 73
77L 84172 83825 115 82L 82437 82090 115 27R 31009 31356 115
78L 85395 84757 212 83L 83568 82894 224 - - - -
79R 85531 87249 572 84R 83668 85386 572 26L 30729 28999 576
80L 88987 87872 371 85L 86988 85873 371 25R 27224 28345 373
81R 89043 89321 92 86R 87046 87324 92 24L 27168 26890 92
82R 89450 89923 157 87R 87454 87927 157 23L 26762 26289 157
- - - - 88R 88138 88512 124 22L 25564 25277 95
83R 90373 91017 214 89R 88857 89501 214 21L 24912 24268 214
84R 91389 92126 245 90R 89903 90640 245 20L 23923 23141 260
85R 92201 92788 195 91.5R 90715 91302 195 19L 23066 22479 195
86L 93363 93178 61 92L 91943 91650 97 18R 21742 22119 125
87L 95533 93716 605 93L 94096 92279 605 17R 19571 21397 608
88R 95566 96018 150 94R 94129 94581 150 16L 19538 19086 150
89R 96086 97252 388 95R 94649 95845 398 15L 19018 17744 424
90R 97345 98736 463 96R 95938 97329 463 14L 17651 16260 463
91R 98860 100047 395 97R 97453 98640 395 13L 16136 14949 395
92R 100398 100637 79 98R 98927 99232 101 - - - -
93L 100986 100819 55 99L 99593 99426 55 12R 14091 14246 51
94L 101563 101096 155 100R 100169 99702 155 11L 13512 13979 155
95R 101656 102747 363 101R 100180 101352 390 10L 13419 12325 364
96R 103549 104220 223 103R 102169 102840 223 89R 103279 103965 228
97R 104303 104716 137 104R 102923 103372 149 90R 104031 104444 137
  1. aORFs that have been added or altered are highlighted in bold. If a previously annotated ORF is not listed in the table, it has been deleted.
  2. bPotentially frameshifted ORF
  3. cWhere an ORF has a potential sequencing error resulting in a frameshift mutation, 2 stop codons are provided in the format X/Y. The first number represents the actual physical stop in the reported sequence. The second number is the proposed stop if a sequencing error occurred.
  4. dLength of ORF in amino acids