Table 2 Nucleotide variations in HPV16As LCRs from HSIL and SCC samples compared with the HPV16 LCR reference sequence [GenBank:AY686584]

% of samples

100

100

7

2.3

100

100

2.3

2.3

4.7

95.3

100

95.3

4.7

2.3

2.3

41.9

4.7

2.3

2.3

100

2.3

2.3

100

9.3

2.3

2.3

2.3

2.3

100

2.3

2.3

39.5

2.3

100

4.7

4.7

4.7

100

Changed position

7175

7177

7179

7186

7193

7201

7213

7217

^* 7218

7270

7287

7289

^* 7384

7405

7418

^* 7429

^* 7430

7485

7489

7521

^* 7617

7623

7730

7781

7791

7792

7802

7813

7842

^* 7844

7868

^* 7874

7886

24

^* 28

^* 46

^* 61

81

HPV16 pt.

A

T

G

T

G

T

G

G

T

C

A

A

T

T

T

G

C

A

G

G

C

G

A

T

T

C

C

T

G

A

G

C

C

C

G

T

T

G

HPV16 As

C

C

-

-

T

C

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A/T

-

-

-

-

T

-

-

-

-

SCC

As

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

8 (18.6%)

As-sv1

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

-

-

-

T

4 (9.3%)

As-sv2

C

C

-

G

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

C

-

T

-

-

T

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv3

C

C

-

-

T

C

-

A

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

C^

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv4

C

C

-

-

T

C

-

-

A

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv5

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

T

G

-

-

-

T

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv6

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

T

G

-

-

-

T

-

-

A

-

-

C

-

-

-

A

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv7

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

-

-

G

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv8

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

A

A

-

-

-

A

A^

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv9

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

C

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv10

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

C

-

-

-

-

T

C

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv11

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

C

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv12

C

C

-

-

T

C

-

-

-

-

C

C

-

-

-

-

-

C

A

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv13

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

-

G^

-

T

1 (2.3%)

As-sv14

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

A^

G^

G^

T

1 (2.3%)

As-sv15

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

A^

-

G^

T

1 (2.3%)

As-sv16

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

del

-

-

G^

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

HSIL

As-sv1

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

-

-

-

T

8 (18.6%)

As-sv17

C

C

T

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

2 (4.7%)

As-sv18

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

2 (4.7%)

As-sv19

C

C

T

-

T

C

C^

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv20

C

C

-

-

T

C

-

-

A

-

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv21

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

A

G

-

T

-

-

-

T

1 (2.3%)

As-sv22

C

C

-

-

T

C

-

-

-

T

C

C

-

-

-

A

-

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

A

-

-

G

A

T

-

-

-

T

1 (2.3%)