From: Comparisons of the M1 genome segments and encoded μ2 proteins of different reovirus isolates
Frequencies of selected codons in coding sequences of:a | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mammalian genomes | Reovirus genomes | Individual reovirus genome segments (major protein encoded by each) | ||||||||||||||||
Codon | AAb | Expc | Mus | Bos | Homo | T1L | T2J | T3D | L1 (λ3) | L2 (λ2) | L3 (λ1) | M1 (μ2) | M2 (μ1) | M3 (μNS) | S1 (σ1) | S2 (σ2) | S3 (σNS) | S4 (σ3) |
ACG | Thr | 0.25 | 0.11 | 0.13 | 0.11 | 0.23 | 0.30 | 0.24 | 0.17 | 0.28 | 0.22 | 0.27 | 0.17 | 0.16 | 0.30 | 0.38 | 0.26 | 0.20 |
CCG | Pro | 0.25 | 0.11 | 0.12 | 0.11 | 0.17 | 0.20 | 0.17 | 0.12 | 0.20 | 0.15 | 0.27 | 0.20 | 0.14 | 0.18 | 0.25 | 0.07 | 0.11 |
CGU | Arg | 0.17 | 0.09 | 0.08 | 0.08 | 0.20 | 0.22 | 0.24 | 0.22 | 0.19 | 0.14 | 0.25 | 0.19 | 0.31 | 0.12 | 0.16 | 0.21 | 0.29 |
CUA | Leu | 0.17 | 0.08 | 0.09 | 0.08 | 0.15 | 0.13 | 0.14 | 0.18 | 0.13 | 0.14 | 0.19 | 0.09 | 0.18 | 0.16 | 0.09 | 0.05 | 0.16 |
GCG | Ala | 0.25 | 0.10 | 0.11 | 0.11 | 0.24 | 0.26 | 0.26 | 0.29 | 0.22 | 0.30 | 0.31 | 0.15 | 0.16 | 0.25 | 0.30 | 0.10 | 0.29 |
GUA | Val | 0.25 | 0.12 | 0.11 | 0.12 | 0.18 | 0.17 | 0.15 | 0.20 | 0.23 | 0.12 | 0.15 | 0.23 | 0.14 | 0.23 | 0.17 | 0.14 | 0.23 |
UCG | Ser | 0.17 | 0.05 | 0.06 | 0.06 | 0.14 | 0.17 | 0.14 | 0.13 | 0.14 | 0.18 | 0.16 | 0.11 | 0.03 | 0.13 | 0.18 | 0.20 | 0.16 |
UUA | Leu | 0.17 | 0.06 | 0.07 | 0.07 | 0.20 | 0.18 | 0.20 | 0.32 | 0.20 | 0.16 | 0.23 | 0.14 | 0.07 | 0.18 | 0.32 | 0.13 | 0.16 |
mean | - | 0.21 | 0.09 | 0.10 | 0.09 | 0.19 | 0.20 | 0.19 | 0.22 | 0.20 | 0.19 | 0.21 | 0.18 | 0.16 | 0.21 | 0.22 | 0.16 | 0.18 |