Domain: HPV52 L1 sequence | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
nt | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 7 | 7 | n | Sublineage |
5 | 7 | 7 | 8 | 9 | 9 | 0 | 1 | 2 | 4 | 6 | 7 | 7 | 7 | 8 | 9 | 9 | 0 | 1 | |||
7 | 7 | 7 | 2 | 0 | 7 | 8 | 1 | 1 | 4 | 9 | 0 | 6 | 9 | 2 | 1 | 3 | 5 | 1 | |||
8 | 1 | 7 | 8 | 9 | 2 | 3 | 0 | 8 | 3 | 8 | 1 | 4 | 4 | 4 | 7 | 2 | 2 | 2 | |||
NC_001592 | T | A | A | A | A | T | G | G | G | C | G | T | T | A | C | C | A | G | G | Protype | |
OL589507 | C | A | A | G | C | G | T | A | A | 1 | B2 | ||||||||||
OL589508 | G | C | A | A | G | C | G | T | A | A | 11 | B2 | |||||||||
OL589509 | C | G | A | A | T | A | A | C | A | 1 | C2 | ||||||||||
OL589510 | G | G | C | A | A | G | C | G | T | A | A | 1 | B2 | ||||||||
OL589511 | G | G | C | A | A | G | C | G | T | A | A | 1 | B2 | ||||||||
reference aa | L | T | V | K | P | I | R | Q | Q | A | E | V | F | K | Y | V | I | R | S | ||
1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | |||||||
6 | 7 | 8 | 1 | 3 | 7 | 8 | 1 | 9 | 7 | 7 | 0 | 1 | 2 | 5 | 5 | 9 | 1 | ||||
aa position | 5 | 9 | 1 | 8 | 5 | 6 | 3 | 2 | 8 | 3 | 8 | 9 | 0 | 0 | 0 | 1 | 6 | 6 | 6 | ||
aa mutations | S | ||||||||||||||||||||
Frequency | 1 | 13 | 1 | 1 | 1 | 14 | 1 | 14 | 15 | 1 | 1 | 14 | 14 | 14 | 14 | 15 | 1 | 14 | 1 | 15 |