Domain: HPV16 L1 sequence | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
nt | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 6 | n | Sublineage |
9 | 0 | 3 | 4 | 5 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 9 | 1 | |||
3 | 0 | 1 | 9 | 2 | 7 | 8 | 9 | 0 | 6 | 7 | 9 | |||
3 | 2 | 6 | 4 | 8 | 0 | 3 | 4 | 3 | 2 | 4 | 6 | |||
NC_001526 | A | T | A | A | A | A | T | A | A | C | G | G | Protype | |
MZ546238 | G | C | C | A | 5 | A1 | ||||||||
MZ546239 | G | C | 7 | A1 | ||||||||||
MZ546240 | G | G | C | C | A | 1 | A1 | |||||||
MZ546241 | C | G | 1 | A1 | ||||||||||
MZ546242 | G | C | C | A | 1 | A1 | ||||||||
MZ546243 | G | C | G | C | C | A | 1 | A1 | ||||||
MZ546244 | G | T | A | 1 | A3 | |||||||||
MZ546245 | C | G | T | A | 1 | A3 | ||||||||
MZ546246 | G | T | C | A | 2 | A1 | ||||||||
MZ546247 | G | T | C | A | A | 1 | A1 | |||||||
MZ546248 | C | G | A | 1 | A4 | |||||||||
MZ546249 | C | G | A | 5 | A4 | |||||||||
reference aa | K | H | N | E | R | T | D | T | S | S | E | L | ||
aa position | 1 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | ||||
5 | 7 | 8 | 4 | 5 | 6 | 0 | 4 | 4 | 9 | 0 | 7 | |||
3 | 6 | 1 | 0 | 2 | 6 | 3 | 0 | 3 | 6 | 0 | 4 | |||
aa mutations | Q | T | D | A | ||||||||||
Frequency | 1 | 1 | 7 | 1 | 1 | 27 | 8 | 3 | 18 | 2 | 1 | 19 | 27 |