Figure | Procedure | RT enzyme | Priming method | PCR enzyme | SIV input (copies) | SIV count (copies) | PCR thermal cycling condition |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1A | One step | SSIII | Gene-specific | Platinum Taq | 0 | N.D | 50 °C 30 min, 94 °C 7 min, 38× (94 °C 14 s, 60 °C 30 s, 68 °C 30 s, 94 °C 1 s), 94 °C 14 s, 60 °C 30 s, 68 °C 5 min 30 s, 98 °C 10 min, 4 °C hold |
1B | 10 | N.D | |||||
1C | 0 | N.D | |||||
1D | 10 | N.D | |||||
1E | 0 | N.D | |||||
1F | 10 | N.D | |||||
1G | 0 | N.D | |||||
1H | 10 | N.D | |||||
2A | Two step | M-MLV | Gene-specific | AmpliTaq Gold | 0 | 0 | (RT) 25 °C 15 min; 37 °C 60 min; 90 °C 30 min; 25 °C 30 min; 4 °C hold. (PCR) 95 °C 7 min, 40× (95 °C 15 s, 60 °C 1 min), 98 °C 10 min, 4 °C hold |
2B | 10 | 14 | Â | ||||
2C | SSIII | 0 | 1 | (RT) 25 °C 15 min; 37 °C 60 min; 85 °C 5 min; 25 °C 30 min; 4 °C hold. (PCR) 95 °C 7 min, 40× (95 °C 15 s, 60 °C 1 min), 98 °C 10 min, 4 °C hold | |||
2D | 10 | 14 | |||||
2E | M-MLV | Random hexamer | 0 | 0 | (RT) 25 °C 15 min; 50 °C 50 min; 90 °C 30 min; 25 °C 30 min; 4 °C hold. (PCR) 95 °C 7 min, 40× (95 °C 15 s, 60 °C 1 min), 98 °C 10 min, 4 °C hold | ||
2F | 10 | 1 | |||||
2G | SSIII | 0 | 1 | (RT) 25 °C 15 min; 50 °C 50 min; 85 °C 5 min; 25 °C 30 min; 4 °C hold. (PCR) 95 °C 7 min, 40× (95 °C 15 s, 60 °C 1 min), 98 °C 10 min, 4 °C hold | |||
2H | 10 | 2 | |||||
3A | Two-step | SSIII | Gene-specific | AmpliTaq Gold | 0 | N.D | (RT) 25 °C 15 min; 50 °C 50 min; 85 °C 5 min; 25 °C 30 min; 4 °C hold. (PCR) 95 °C 7 min, 40× (95 °C 15 s, 60 °C 1 min), 98 °C 10 min, 4 °C hold |
3B | 100 | N.D | |||||
3C | Random hexamer | 0 | N.D | ||||
3D | 100 | N.D | |||||
4A | Two-step | SSIV | Gene-specific | AmpliTaq Gold | 0 | 0 | (RT) 25 °C 15 min; 50 °C 10 min; 95 °C 10 min; 25 °C 30 min; 4 °C hold. (PCR) 95 °C 7 min, 40× (95 °C 15 s, 60 °C 1 min), 98 °C 10 min, 4 °C hold |
4B | 10 | 10 |