Table 1 Primers and reaction cycling conditions for pol and env

env

ED5

5′-ATGGGATCAAAGCCTAAAGCCATGTG-3′ (sense)

RT-PCR:

50 °C 30 min 94 °C 2 min; 30 cycles of 94 °C 30 s, 55 °C 30 s, 72 °C 80 s; 72 °C 10 min

ED12

5′-AGTGCTTCCTGCTGCTCCCA-3′ (anti-sense)

Env7a

5′-CTGTTAAATGGCAGTCTAGC-3′ (sense)

The second round:

94 °C 3 min, 30 cycles of 94 °C 30 s, 55 °C 30 s, 72 °C 80 s; 72 °C 10 min

Env7a

5′-CTGTTAAATGGCAGTCTAGC-3′ (anti-sense)

pol

MAW-26

5′-TGGAAATGTGGAAAGGAAGGAC-3′ (sense)

RT-PCR:

50 °C 30 min, 94 °C 2 min; 30 cycles of 94 °C 30 s, 55 °C 30 s, 72 °C 150 s; 72 °C 10 min

RT-21

5′-CTGTATTTCTGCTATTAAGTCTTTTGA-3′ (anti-sense)

PRO-1^a

5′-CAGAGCCAACAGCCCCACCA-3′ (sense)

The second round:

94 °C 5 min; 30 cycles of 94 °C 30 s, 63 °C 30 s, 72 °C 150 s; 72 °C 10 min

RT-20^a

5′-CTGCCAGTTCTAGCTCTGCTTC-3′ (anti-sense)

RT4R^a

5′-CTTCTGTATATCATTGACAGTCCAGCT-3′ (anti-sense)

Sequencing

RT1^a

5′-CCAAAAGTTAAACAATGGCCATTGACAGA-3′ (sense)

Sequencing

PROC1^a

5′-GCTGGGTGTGGTATTCC-3′ (anti-sense)

Sequencing