Skip to main content

Table 4 HPV16 LCR nucleotide variant sites and pattern number

From: Genetic variability, phylogeny and functional implication of the long control region in human papillomavirus type 16, 18 and 58 in Chengdu, China

Nucleotide Positon

7168

7174

7175

7177

7178

7193

7201

7210

7219

7233

7238

7252

7270

7287

7289

7292

7310

7328

7343

7366

7385

7394

7395

7419

7428

7429

7435

7449

7458

7483

7485

7489

7495

7521

7595

7660

7669

7714

7730

7765

7770

7775

7777

7781

7785

7816

7826

7830

7834

7837

7839

7842

7864

7868

7873

7874

Pattern

A

A

A

T

A

G

T

C

G

A

T

T

C

A

A

C

C

T

C

C

T

C

C

A

C

G

G

T

A

A

A

G

T

G

C

A

C

T

A

T

C

T

A

T

C

G

G

A

G

A

A

G

T

G

A

C

No

A

HPV16 NC01

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

G

-

-

C

-

T

-

-

-

-

C

-

C

-

C

-

A

C

-

-

-

1

2

HPV16 NC02

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

T

2

1

HPV16 NC03

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

C

-

C

C

-

-

C

-

-

-

C

C

A

-

-

-

-

3

2

HPV16 NC04

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

--

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

4

1

HPV16 NC06

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

A

-

A

-

-

5

1

HPV16 NC07

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

6

6

HPV16 NC08

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

7

3

HPV16 NC09

-

-

C

C

-

T

C

A

-

G

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

8

1

HPV16 NC10

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

G

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

9

3

HPV16 NC11

-

-

C

C

-

T

C

A

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

10

1

HPV16 NC12

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

T

11

1

HPV16 NC13

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

12

1

HPV16 NC15

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

13

3

HPV16 NC17

-

-

C

C

-

T

C

-

C

-

-

-

T

T

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

14

1

HPV16 NC19

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

T

-

-

-

-

-

G

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

T

G

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

15

1

HPV16 NC24

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

G

-

16

1

HPV16 NC25

-

-

C

C

-

T

C

-

-

-

-

-

T

C

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

G

17

3

HPV16 NC30

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

18

5

HPV16 NC32

G

C

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

19

2

HPV16 NC33

G

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

20

1

HPV16 NC35

G

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

21

1

HPV16 NC36

G

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

22

3

HPV16 NC37

-

-

-

-

G

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

23

2

HPV16 NC38

-

-

-

-

-

T

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

G

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

24

1

HPV16 NC40

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

25

1

HPV16 NC41

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

26

1

HPV16 NC42

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

27

1

HPV16 NC43

-

-

-

-

-

T

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

T

-

C

A

-

A

-

-

T

-

C

-

-

-

-

-

T

-

A

-

T

C

G

A

-

-

-

-

28

1

HPV16 NC44

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

29

1

HPV16 NC45

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

30

1

HPV16 NC46

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

31

3

HPV16 NC47

-

-

-

-

-

T

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

32

1

  1. Same nucleotides compared to the reference sequence were marked with a dash (-). N noted novel variants of this study. We gave a specific pattern No. to identical LCR sequence. The sample amounts of each pattern were listed at last column
Back to article page

Virology Journal

ISSN: 1743-422X