Skip to main content

Table 4 HPV16 LCR nucleotide variant sites and pattern number

From: Genetic variability, phylogeny and functional implication of the long control region in human papillomavirus type 16, 18 and 58 in Chengdu, China

Nucleotide Positon 7168 7174 7175 7177 7178 7193 7201 7210 7219 7233 7238 7252 7270 7287 7289 7292 7310 7328 7343 7366 7385 7394 7395 7419 7428 7429 7435 7449 7458 7483 7485 7489 7495 7521 7595 7660 7669 7714 7730 7765 7770 7775 7777 7781 7785 7816 7826 7830 7834 7837 7839 7842 7864 7868 7873 7874 Pattern
A A A T A G T C G A T T C A A C C T C C T C C A C G G T A A A G T G C A C T A T C T A T C G G A G A A G T G A C No A
HPV16 NC01 - - C C - T C - - - - - T C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - G - - C - T - - - - C - C - C - A C - - - 1 2
HPV16 NC02 - - C C - T C - - - - - T C C - - - - - - - - - - A - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - - T 2 1
HPV16 NC03 - - C C - T C - - - - - T C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C C - C C - - C - - - C C A - - - - 3 2
HPV16 NC04 - - C C - T C - - - - - T C C - - - -- - - - - - - A - - - - - - - A - - - - C - - - - C - - - - - - - A - - - - 4 1
HPV16 NC06 - - C C - T C - - - - - T C C - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - C - - - A - A - - 5 1
HPV16 NC07 - - C C - T C - - - - - T C C - - - - - - - - G - - - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - - - 6 6
HPV16 NC08 - - C C - T C - - - - - T C C - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - C - - - - - - - A - - - - 7 3
HPV16 NC09 - - C C - T C A - G - - T C C - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - C - - - - - - - A - - - - 8 1
HPV16 NC10 - - C C - T C - - - - - T C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - G - - C - - - - - - - - - - - - A - - - - 9 3
HPV16 NC11 - - C C - T C A - - - - T C C - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - - - 10 1
HPV16 NC12 - - C C - T C - - - - - T C C - - - - - - - - - - A - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - - T 11 1
HPV16 NC13 - - C C - T C - - - - - T C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - G - 12 1
HPV16 NC15 - - C C - T C - - - - - T C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - - - 13 3
HPV16 NC17 - - C C - T C - C - - - T T C - - - - - - - - - A - - - - - - - - A - - - - C - - - - C - - - - - - - A - - - - 14 1
HPV16 NC19 - - C C - T C - - - - - T T - - - - - G - A - - - - - - - - - - - A T G - - C - - - - - - - - - - - - A - - - - 15 1
HPV16 NC24 - - C C - T C - - - - - T C - - - - - - G - - - - - - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - G - 16 1
HPV16 NC25 - - C C - T C - - - - - T C C - - - - - - - - - - A - - - - - - - A - - - - C - - - - - - - - - - - - A - - - G 17 3
HPV16 NC30 - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - 18 5
HPV16 NC32 G C - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 19 2
HPV16 NC33 G - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 20 1
HPV16 NC35 G - - - - T - - - - - - - - - - T - - - - - T - - - - - - C - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 21 1
HPV16 NC36 G - - - - T - - - - - - - - - - T - - - - - T - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 22 3
HPV16 NC37 - - - - G T - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - A - - - C - - - - - - - C - - - - - - - - - - 23 2
HPV16 NC38 - - - - - T - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - G - - - - - - - - - - - - - - - - - - 24 1
HPV16 NC40 - - - - - T - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 25 1
HPV16 NC41 - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 26 1
HPV16 NC42 - - - - - T - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 27 1
HPV16 NC43 - - - - - T - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - A - T - C A - A - - T - C - - - - - T - A - T C G A - - - - 28 1
HPV16 NC44 - - - - - T - - - - - - - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 29 1
HPV16 NC45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 30 1
HPV16 NC46 - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 31 3
HPV16 NC47 - - - - - T - - - - - C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A - - 32 1
  1. Same nucleotides compared to the reference sequence were marked with a dash (-). N noted novel variants of this study. We gave a specific pattern No. to identical LCR sequence. The sample amounts of each pattern were listed at last column