Skip to main content

Table 1 RNAscope® in situ hybridization conditions tested for protocol definition

From: Localization of cassava brown streak virus in Nicotiana rustica and cassava Manihot esculenta (Crantz) using RNAscope® in situ hybridization

Sample

Pretreatment conditions

Probe concentration

AMP5 incubation time

Washes after probe and AMPs incubation

Substrate incubation

Observations

Target Retrieval

Hydrogen Peroxide

Protease Plus

N. rustica (stem)

15 min

10 min

30 min

not diluted

30 min

2 W, 2 min each

10 min

Strong background

5 min

10 min

10 min

not diluted

15 min

3 W, 5 min each

2 min

Background reduced but low signal

15 min

10 min

15 min

not diluted

15 min

3 W, 5 min each

2 min

Significant background

15 min

10 min

15 min

not diluted

10 min

3 W, 5 min each

2 min

Significant background

15 min

10 min

15 min

1:10 in diluent buffer

10 min

3 W, 5 min each

2 min

Minimal background

15 min

10 min

15 min

1:40 in diluent buffer

10 min

3 W, 5 min each

2 min

Minimal background

Cassava (stem)

15 min

10 min

15 min

not diluted

10 min

3 W, 5 min each

8 min

Absence of background

15 min

10 min

15 min

not diluted

15 min

3 W, 5 min each

8 min

Absence of background

Cassava (leaf, petiole)

15 min

10 min

15 min

not diluted

10 min

3 W, 5 min each

8 min

Absence of background

15 min

10 min

15 min

not diluted

15 min

3 W, 5 min each

8 min

Absence of background