Skip to main content

Table 1 RNAscope® in situ hybridization conditions tested for protocol definition

From: Localization of cassava brown streak virus in Nicotiana rustica and cassava Manihot esculenta (Crantz) using RNAscope® in situ hybridization

Sample Pretreatment conditions Probe concentration AMP5 incubation time Washes after probe and AMPs incubation Substrate incubation Observations
Target Retrieval Hydrogen Peroxide Protease Plus
N. rustica (stem) 15 min 10 min 30 min not diluted 30 min 2 W, 2 min each 10 min Strong background
5 min 10 min 10 min not diluted 15 min 3 W, 5 min each 2 min Background reduced but low signal
15 min 10 min 15 min not diluted 15 min 3 W, 5 min each 2 min Significant background
15 min 10 min 15 min not diluted 10 min 3 W, 5 min each 2 min Significant background
15 min 10 min 15 min 1:10 in diluent buffer 10 min 3 W, 5 min each 2 min Minimal background
15 min 10 min 15 min 1:40 in diluent buffer 10 min 3 W, 5 min each 2 min Minimal background
Cassava (stem) 15 min 10 min 15 min not diluted 10 min 3 W, 5 min each 8 min Absence of background
15 min 10 min 15 min not diluted 15 min 3 W, 5 min each 8 min Absence of background
Cassava (leaf, petiole) 15 min 10 min 15 min not diluted 10 min 3 W, 5 min each 8 min Absence of background
15 min 10 min 15 min not diluted 15 min 3 W, 5 min each 8 min Absence of background
\