From: Molecular subtyping of European swine influenza viruses and scaling to high-throughput analysis
Virus strain | Virus stock dilution | M gene RT-qPCR (Cq-value) | Real-time RT-PCR for molecular subtyping (Cq-value) | ||||||||
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Lineage | Name | ||||||||||
H1av | H1hu | H1huΔ146–147 | H1pdm | H3 | N1 | N1pdm | N2 | ||||
H1avN1 | A/Sw/Cotes d’Armor/0388/2009 | 10−1 | 12.01 | 12.53 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 12.33 | no Cq | no Cq |
10−2 | 14.90 | 15.80 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 16.02 | no Cq | no Cq | ||
10−3 | 19.46 | 19.84 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 20.63 | no Cq | no Cq | ||
10−4 | 22.83 | 23.14 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 23.77 | no Cq | no Cq | ||
10−5 | 26.53 | 26.85 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 27.11 | no Cq | no Cq | ||
10−6 | 29.52 | 29.72 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 30.24 | no Cq | no Cq | ||
10−7 | 32.81 | 32.51* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 33.74* | no Cq | no Cq | ||
10−8 | 35.45 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 35.34* | no Cq | no Cq | ||
H1avN2 | A/Sw/Cotes d’Armor/0186/2010 | 10−1 | 15.01 | 15.14 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 14.32 |
10−2 | 18.14 | 18.43 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 18.04 | ||
10−3 | 21.72 | 21.96 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 22.34 | ||
10−4 | 25.34 | 25.27 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 26.12 | ||
10−5 | 28.91 | 27.95 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 29.51 | ||
10−6 | 32.76 | 31.62 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 32.40 | ||
10−7 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 34.31* | ||
10−8 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
H1huN2 | A/Sw/Cotes d’Armor/0113/2006 | 10−1 | 14.52 | no Cq | 16.11 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 13.71 |
10−2 | 17.45 | no Cq | 19.33 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 17.68 | ||
10−3 | 22.48 | no Cq | 23.92 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 22.71 | ||
10−4 | 25.87 | no Cq | 27.60 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 26.40 | ||
10−5 | 28.49 | no Cq | 30.10* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 28.89 | ||
10−6 | 33.49 | no Cq | 33.58* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 32.04* | ||
10−7 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 34.76 | ||
10−8 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
H1huN2Δ146–147 | A/Sw/France/22–130212/2013 | 10−1 | 8.59 | no Cq | 11.90 | 10.61 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 8.58 |
10−2 | 12.08 | no Cq | 15.01 | 13.69 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 13.32 | ||
10−3 | 15.54 | no Cq | 18.64 | 18.07 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 16.69 | ||
10−4 | 19.05 | no Cq | 22.40 | 21.91 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 20.91 | ||
10−5 | 22.85 | no Cq | 25.88 | 26.00 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 24.98* | ||
10−6 | 25.44 | no Cq | 29.72 | 29.21 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 27.95 | ||
10−7 | 29.78 | no Cq | 32.37* | 32.17* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 31.09 | ||
10−8 | 32.73 | no Cq | no Cq | 36.31 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 34.43 | ||
H1huN1 | A/Sw/Cotes d’Armor/0070/2010 | 10−1 | 14.85 | no Cq | 18.39 | no Cq | no Cq | no Cq | 16.85 | no Cq | no Cq |
10−2 | 18.11 | no Cq | 21.66 | no Cq | no Cq | no Cq | 20.45 | no Cq | no Cq | ||
10−3 | 22.90 | no Cq | 26.08 | no Cq | no Cq | no Cq | 25.07 | no Cq | no Cq | ||
10−4 | 25.71 | no Cq | 28.73 | no Cq | no Cq | no Cq | 27.57 | no Cq | no Cq | ||
10−5 | 29.68 | no Cq | 31.39 | no Cq | no Cq | no Cq | 30.95 | no Cq | no Cq | ||
10−6 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 34.42 | no Cq | no Cq | ||
10−7 | 33.47* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
10−8 | No Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
H1huN1Δ147 | A/Sw/Cotes d’Armor/0190/2006 | 10−1 | 13.49 | no Cq | 16.90 | no Cq | no Cq | no Cq | 16.07 | no Cq | no Cq |
10−2 | 17.24 | no Cq | 20.87 | no Cq | no Cq | no Cq | 19.93 | no Cq | no Cq | ||
10−3 | 20.86 | no Cq | 23.92 | no Cq | no Cq | no Cq | 23.79 | no Cq | no Cq | ||
10−4 | 25.01 | no Cq | 28.30 | no Cq | no Cq | no Cq | 27.43 | no Cq | no Cq | ||
10−5 | 28.21 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 30.37 | no Cq | no Cq | ||
10−6 | 31.31 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 34.50* | no Cq | no Cq | ||
10−7 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 35.28* | no Cq | no Cq | ||
10−8 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
H1N1pdm | A/Sw/Sarthe/0255/2010 | 10−1 | 13.31 | no Cq | no Cq | no Cq | 19.30 | no Cq | 17.24 | 16.38 | no Cq |
10−2 | 16.62 | no Cq | no Cq | no Cq | 22.49 | no Cq | 21.07 | 20.55 | no Cq | ||
10−3 | 20.44 | no Cq | no Cq | no Cq | 26.63 | no Cq | 24.76 | 23.80 | no Cq | ||
10−4 | 24.65 | no Cq | no Cq | no Cq | 30.63 | no Cq | 28.82 | 27.93 | no Cq | ||
10−5 | 27.94 | no Cq | no Cq | no Cq | 33.24 | no Cq | 32.08 | 30.39 | no Cq | ||
10−6 | 31.88 | no Cq | no Cq | no Cq | 36.13* | no Cq | 33.85* | 34.77 | no Cq | ||
10−7 | 33.50* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
10−8 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | ||
H3N2 | A/Sw/Flandres/1/1998 | 10−1 | 12.96 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 13.28 | no Cq | no Cq | 13.23 |
10−2 | 16.61 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 17.15 | no Cq | no Cq | 16.51 | ||
10−3 | 20.88 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 21.32 | no Cq | no Cq | 21.98 | ||
10−4 | 24.05 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 24.44 | no Cq | no Cq | 25.42 | ||
10−5 | 27.57 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 28.15 | no Cq | no Cq | 28.67 | ||
10−6 | 30.48 | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 32.06 | no Cq | no Cq | 32.54 | ||
10−7 | 34.01* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 33.74 | no Cq | no Cq | no Cq | ||
10−8 | 35.31* | no Cq | no Cq | no Cq | no Cq | 34.38* | no Cq | no Cq | no Cq |