From: Molecular epidemiology of Avian Rotaviruses Group A and D shed by different bird species in Nigeria
Year | State | Area | Collection site | Bird species | Animal Code | RVA gene | |||
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VP7 | VP4 | VP6 | NSP4 | ||||||
Genotype | Genotype | Genotype | Genotype | ||||||
2011 | Ogun | Owode-Egba | Farm type 3 | Chicken | NIE11_A_255 | G19a | P[31]a | I11 | E10 |
NIE11_A_252 | G19a | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_254 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_242 | G19a | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_251 | G19a | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_253 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_256 | G19 | P[31]a | I11 | E10a | |||||
NIE11_A_257 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_260 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_250 | G19 | P[31] a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_249 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_247 | G19a | P[31]a | I11a | E10 | |||||
NIE11_A_246 | G19a | P[31]a | I11a | E10 | |||||
NIE11_A_266 | G19a | P[31]a | I11 | n.s. | |||||
NIE11_A_258 | G19a | P[31]a | I11 | n.s. | |||||
Ajebo | Farm type 2 | Chicken | NIE11_A_461 | n.s. | n.s. | n.s. | E10 | ||
Ijebu-Ode | Farm type 3 | Chicken | NIE11_A_450 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | ||
NIE11_A_441 | G19 | P[31]a | I11 | n.s. | |||||
Oyo | Ibadan North | Farm type 2 | Chicken | NIE11_A_299 | G19 | P[31] a | I11 | E10 | |
NIE11_A_295 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE11_A_300 | G19 | P[31]a | I11 | n.s. | |||||
NIE11_A_298 | G19 | P[31]a | I11a | n.s. | |||||
Ilora | Farm type 2 | Chicken | NIE11_A_365 | n.s. | n.s. | n.s. | E10 | ||
NIE11_A_369 | n.s. | n.s. | n.s. | E10 | |||||
NIE11_A_366 | G19 | P[31]a | I11a | E10 | |||||
NIE11_A_362 | G19 | P[31]a | I11a | E10 | |||||
NIE11_A_361 | G19 | P[31] a | I11a | E10 | |||||
NIE11_A_363 | n.s. | n.s. | n.s. | E10 | |||||
NIE11_A_436 | n.s. | n.s. | n.s. | E10 | |||||
Farm type 1 | Chicken | NIE11_A_432 | G19 | P[31] a | I11 | E10 | |||
2013 | Ogun | Adatan | Live bird market | Chicken | NIE13_A_1134 | G19 | P[31]a | n.s. | E10 |
NIE13_A_1136 | G19 | n.s. | n.s. | E10 | |||||
NIE13_A_1138 | G19 | P[31]a | n.s. | n.s. | |||||
Ago-Ika | Live bird market | Guinea fowl | NIE13_A_1150 | G19 | P[31]a | n.s. | E10 | ||
NIE13_A_1143 | G19 | P[31]a | n.s. | E10 | |||||
NIE13_A_1140 | G19 | P[31] a | n.s. | E10 | |||||
NIE13_A_1141 | G19 | P[31]a | n.s. | n.s. | |||||
NIE13_A_1145 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1152 | G19 | P[31]a | I11 | n.s. | |||||
NIE13_A_1142 | G19 | P[31]a | n.s. | E10 | |||||
NIE13_A_1144 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1146 | G19 | n.s. | n.s. | E10 | |||||
NIE13_A_1092 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1095 | G19 | P[31]a | n.s. | E10 | |||||
NIE13_A_1094 | G19 | P[31] a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1096 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1149 | G19 | P[31]a | I11 | n.s. | |||||
NIE13_A_1093 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1147 | G19 | n.s. | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1091 | G19 | P[31]a | I11 | E10 | |||||
NIE13_A_1153 | G19a | P[31] a | I11 | E10 | |||||
Duck | NIE13_A_1066 b | n.s. | P[31] a | n.s. | E19 | ||||
Lafenwa | Backyard farm | Chicken | NIE13_A_1104 | n.s. | P[31]a | n.s. | E10 | ||
NIE13_A_1107 | G19 | P[31] a | I11 | E10 | |||||
Alabata | Farm type 2 | Chicken | NIE13_A_1040 | G19 | P[31]a | n.s. | E10 | ||
Itoku | Live bird market | Guinea fowl | NIE13_A_1008 b | G19 | P[31]a | n.s. | E19 | ||
Ewekoro | Farm type 1 | Chicken | NIE13_A_1013 | n.s. | n.s. | n.s. | E19 | ||
NIE13_A_1017 | G18 | P[17]a | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1019 | n.s. | n.s. | I4 | E19a | |||||
NIE13_A_1020 | n.s. | P[17] a | I4 | E19 | |||||
Abeokuta north | Live bird market | Pigeon | NIE13_A_1022 | G18 | P[17] | I4 | E19 | ||
NIE13_A_1023 | G18 | P[17] | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1024 | n.s. | n.s. | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1025 | G18 | P[17] | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1026 | G18 | P[17] | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1128 | n.s. | n.s. | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1129 | n.s. | P[17]a | I4 | E19 | |||||
Duck | NIE13_A_1068 | n.s. | n.s. | I4 | E19a | ||||
Odeda | Farm type 1 | Chicken | NIE13_A_1028 | n.s. | n.s. | I4a | E19 | ||
NIE13_A_1169 b | n.s. | P[17]a | I11 | E10 | |||||
Farm type 2 | Chicken | NIE13_A_1039 | n.s. | n.s. | I4 | E19 | |||
NIE13_A_1045 b | G19a | n.s. | I4a | E10 | |||||
NIE13_A_1047 | n.s. | n.s. | I4a | E19 | |||||
Abeokuta south | Live bird market | Pigeon | NIE13_A_1036 | G18 | P[17]a | I4 | E19 | ||
NIE13_A_1037 b | G19a | n.s. | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1038 | G18 | P[17] | I4 | E19 | |||||
Duck | NIE13_A_1164 | n.s. | n.s. | n.s. | E19 | ||||
Chicken | NIE13_A_1081 | n.s. | n.s. | n.s. | E19 | ||||
NIE13_A_1085 | n.s. | n.s. | I4 | E19 | |||||
NIE13_A_1138 b | n.s. | P[17]a | n.s. | E10 | |||||
Backyard farm | Pigeon | NIE13_A_1072 | G18 | P[17] | I4 | E19 | |||
NIE13_A_1074 | n.s. | n.s. | I4a | E19 | |||||
NIE13_A_1075 b | G19a | n.s. | I4a | E19 | |||||
Oyo | Akinyele | Live bird market | Guinea Fowl | NIE13_A_1069 | n.s. | n.s. | I4a | E19 | |
NIE13_A_1070 | n.s. | n.s. | I4a | E19 | |||||
NIE13_A_1071 | n.s. | n.s. | I4a | E19 | |||||
Ibadan North | Live bird market | Quail | NIE13_A_1119 | n.s. | n.s. | I4a | E19 |