Skip to main content

Table 2 Genetic composition of study sequences

From: Molecular epidemiology of Avian Rotaviruses Group A and D shed by different bird species in Nigeria

Year

State

Area

Collection site

Bird species

Animal Code

RVA gene

   
      

VP7

VP4

VP6

NSP4

      

Genotype

Genotype

Genotype

Genotype

2011

Ogun

Owode-Egba

Farm type 3

Chicken

NIE11_A_255

G19a

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_252

G19a

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_254

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_242

G19a

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_251

G19a

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_253

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_256

G19

P[31]a

I11

E10a

     

NIE11_A_257

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_260

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_250

G19

P[31] a

I11

E10

     

NIE11_A_249

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_247

G19a

P[31]a

I11a

E10

     

NIE11_A_246

G19a

P[31]a

I11a

E10

     

NIE11_A_266

G19a

P[31]a

I11

n.s.

     

NIE11_A_258

G19a

P[31]a

I11

n.s.

  

Ajebo

Farm type 2

Chicken

NIE11_A_461

n.s.

n.s.

n.s.

E10

  

Ijebu-Ode

Farm type 3

Chicken

NIE11_A_450

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_441

G19

P[31]a

I11

n.s.

 

Oyo

Ibadan North

Farm type 2

Chicken

NIE11_A_299

G19

P[31] a

I11

E10

     

NIE11_A_295

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE11_A_300

G19

P[31]a

I11

n.s.

     

NIE11_A_298

G19

P[31]a

I11a

n.s.

  

Ilora

Farm type 2

Chicken

NIE11_A_365

n.s.

n.s.

n.s.

E10

     

NIE11_A_369

n.s.

n.s.

n.s.

E10

     

NIE11_A_366

G19

P[31]a

I11a

E10

     

NIE11_A_362

G19

P[31]a

I11a

E10

     

NIE11_A_361

G19

P[31] a

I11a

E10

     

NIE11_A_363

n.s.

n.s.

n.s.

E10

     

NIE11_A_436

n.s.

n.s.

n.s.

E10

   

Farm type 1

Chicken

NIE11_A_432

G19

P[31] a

I11

E10

2013

Ogun

Adatan

Live bird market

Chicken

NIE13_A_1134

G19

P[31]a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1136

G19

n.s.

n.s.

E10

     

NIE13_A_1138

G19

P[31]a

n.s.

n.s.

  

Ago-Ika

Live bird market

Guinea fowl

NIE13_A_1150

G19

P[31]a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1143

G19

P[31]a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1140

G19

P[31] a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1141

G19

P[31]a

n.s.

n.s.

     

NIE13_A_1145

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE13_A_1152

G19

P[31]a

I11

n.s.

     

NIE13_A_1142

G19

P[31]a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1144

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE13_A_1146

G19

n.s.

n.s.

E10

     

NIE13_A_1092

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE13_A_1095

G19

P[31]a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1094

G19

P[31] a

I11

E10

     

NIE13_A_1096

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE13_A_1149

G19

P[31]a

I11

n.s.

     

NIE13_A_1093

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE13_A_1147

G19

n.s.

I11

E10

     

NIE13_A_1091

G19

P[31]a

I11

E10

     

NIE13_A_1153

G19a

P[31] a

I11

E10

    

Duck

NIE13_A_1066 b

n.s.

P[31] a

n.s.

E19

  

Lafenwa

Backyard farm

Chicken

NIE13_A_1104

n.s.

P[31]a

n.s.

E10

     

NIE13_A_1107

G19

P[31] a

I11

E10

  

Alabata

Farm type 2

Chicken

NIE13_A_1040

G19

P[31]a

n.s.

E10

  

Itoku

Live bird market

Guinea fowl

NIE13_A_1008 b

G19

P[31]a

n.s.

E19

  

Ewekoro

Farm type 1

Chicken

NIE13_A_1013

n.s.

n.s.

n.s.

E19

     

NIE13_A_1017

G18

P[17]a

I4

E19

     

NIE13_A_1019

n.s.

n.s.

I4

E19a

     

NIE13_A_1020

n.s.

P[17] a

I4

E19

  

Abeokuta north

Live bird market

Pigeon

NIE13_A_1022

G18

P[17]

I4

E19

     

NIE13_A_1023

G18

P[17]

I4

E19

     

NIE13_A_1024

n.s.

n.s.

I4

E19

     

NIE13_A_1025

G18

P[17]

I4

E19

     

NIE13_A_1026

G18

P[17]

I4

E19

     

NIE13_A_1128

n.s.

n.s.

I4

E19

     

NIE13_A_1129

n.s.

P[17]a

I4

E19

    

Duck

NIE13_A_1068

n.s.

n.s.

I4

E19a

  

Odeda

Farm type 1

Chicken

NIE13_A_1028

n.s.

n.s.

I4a

E19

     

NIE13_A_1169 b

n.s.

P[17]a

I11

E10

   

Farm type 2

Chicken

NIE13_A_1039

n.s.

n.s.

I4

E19

     

NIE13_A_1045 b

G19a

n.s.

I4a

E10

     

NIE13_A_1047

n.s.

n.s.

I4a

E19

  

Abeokuta south

Live bird market

Pigeon

NIE13_A_1036

G18

P[17]a

I4

E19

     

NIE13_A_1037 b

G19a

n.s.

I4

E19

     

NIE13_A_1038

G18

P[17]

I4

E19

    

Duck

NIE13_A_1164

n.s.

n.s.

n.s.

E19

    

Chicken

NIE13_A_1081

n.s.

n.s.

n.s.

E19

     

NIE13_A_1085

n.s.

n.s.

I4

E19

     

NIE13_A_1138 b

n.s.

P[17]a

n.s.

E10

   

Backyard farm

Pigeon

NIE13_A_1072

G18

P[17]

I4

E19

     

NIE13_A_1074

n.s.

n.s.

I4a

E19

     

NIE13_A_1075 b

G19a

n.s.

I4a

E19

 

Oyo

Akinyele

Live bird market

Guinea Fowl

NIE13_A_1069

n.s.

n.s.

I4a

E19

     

NIE13_A_1070

n.s.

n.s.

I4a

E19

     

NIE13_A_1071

n.s.

n.s.

I4a

E19

  

Ibadan North

Live bird market

Quail

NIE13_A_1119

n.s.

n.s.

I4a

E19

  1. n.s. no sequence
  2. a Sequence too short for definite genotype allocation using the criteria of the RCWG
  3. b Potential reassortants
  4. Bold face sequences are shown in phylogenetic tree of Figs. 2 and 3