Skip to main content

Advertisement

Table 2 Genetic composition of study sequences

From: Molecular epidemiology of Avian Rotaviruses Group A and D shed by different bird species in Nigeria

Year State Area Collection site Bird species Animal Code RVA gene    
       VP7 VP4 VP6 NSP4
       Genotype Genotype Genotype Genotype
2011 Ogun Owode-Egba Farm type 3 Chicken NIE11_A_255 G19a P[31]a I11 E10
      NIE11_A_252 G19a P[31]a I11 E10
      NIE11_A_254 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_242 G19a P[31]a I11 E10
      NIE11_A_251 G19a P[31]a I11 E10
      NIE11_A_253 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_256 G19 P[31]a I11 E10a
      NIE11_A_257 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_260 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_250 G19 P[31] a I11 E10
      NIE11_A_249 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_247 G19a P[31]a I11a E10
      NIE11_A_246 G19a P[31]a I11a E10
      NIE11_A_266 G19a P[31]a I11 n.s.
      NIE11_A_258 G19a P[31]a I11 n.s.
   Ajebo Farm type 2 Chicken NIE11_A_461 n.s. n.s. n.s. E10
   Ijebu-Ode Farm type 3 Chicken NIE11_A_450 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_441 G19 P[31]a I11 n.s.
  Oyo Ibadan North Farm type 2 Chicken NIE11_A_299 G19 P[31] a I11 E10
      NIE11_A_295 G19 P[31]a I11 E10
      NIE11_A_300 G19 P[31]a I11 n.s.
      NIE11_A_298 G19 P[31]a I11a n.s.
   Ilora Farm type 2 Chicken NIE11_A_365 n.s. n.s. n.s. E10
      NIE11_A_369 n.s. n.s. n.s. E10
      NIE11_A_366 G19 P[31]a I11a E10
      NIE11_A_362 G19 P[31]a I11a E10
      NIE11_A_361 G19 P[31] a I11a E10
      NIE11_A_363 n.s. n.s. n.s. E10
      NIE11_A_436 n.s. n.s. n.s. E10
    Farm type 1 Chicken NIE11_A_432 G19 P[31] a I11 E10
2013 Ogun Adatan Live bird market Chicken NIE13_A_1134 G19 P[31]a n.s. E10
      NIE13_A_1136 G19 n.s. n.s. E10
      NIE13_A_1138 G19 P[31]a n.s. n.s.
   Ago-Ika Live bird market Guinea fowl NIE13_A_1150 G19 P[31]a n.s. E10
      NIE13_A_1143 G19 P[31]a n.s. E10
      NIE13_A_1140 G19 P[31] a n.s. E10
      NIE13_A_1141 G19 P[31]a n.s. n.s.
      NIE13_A_1145 G19 P[31]a I11 E10
      NIE13_A_1152 G19 P[31]a I11 n.s.
      NIE13_A_1142 G19 P[31]a n.s. E10
      NIE13_A_1144 G19 P[31]a I11 E10
      NIE13_A_1146 G19 n.s. n.s. E10
      NIE13_A_1092 G19 P[31]a I11 E10
      NIE13_A_1095 G19 P[31]a n.s. E10
      NIE13_A_1094 G19 P[31] a I11 E10
      NIE13_A_1096 G19 P[31]a I11 E10
      NIE13_A_1149 G19 P[31]a I11 n.s.
      NIE13_A_1093 G19 P[31]a I11 E10
      NIE13_A_1147 G19 n.s. I11 E10
      NIE13_A_1091 G19 P[31]a I11 E10
      NIE13_A_1153 G19a P[31] a I11 E10
     Duck NIE13_A_1066 b n.s. P[31] a n.s. E19
   Lafenwa Backyard farm Chicken NIE13_A_1104 n.s. P[31]a n.s. E10
      NIE13_A_1107 G19 P[31] a I11 E10
   Alabata Farm type 2 Chicken NIE13_A_1040 G19 P[31]a n.s. E10
   Itoku Live bird market Guinea fowl NIE13_A_1008 b G19 P[31]a n.s. E19
   Ewekoro Farm type 1 Chicken NIE13_A_1013 n.s. n.s. n.s. E19
      NIE13_A_1017 G18 P[17]a I4 E19
      NIE13_A_1019 n.s. n.s. I4 E19a
      NIE13_A_1020 n.s. P[17] a I4 E19
   Abeokuta north Live bird market Pigeon NIE13_A_1022 G18 P[17] I4 E19
      NIE13_A_1023 G18 P[17] I4 E19
      NIE13_A_1024 n.s. n.s. I4 E19
      NIE13_A_1025 G18 P[17] I4 E19
      NIE13_A_1026 G18 P[17] I4 E19
      NIE13_A_1128 n.s. n.s. I4 E19
      NIE13_A_1129 n.s. P[17]a I4 E19
     Duck NIE13_A_1068 n.s. n.s. I4 E19a
   Odeda Farm type 1 Chicken NIE13_A_1028 n.s. n.s. I4a E19
      NIE13_A_1169 b n.s. P[17]a I11 E10
    Farm type 2 Chicken NIE13_A_1039 n.s. n.s. I4 E19
      NIE13_A_1045 b G19a n.s. I4a E10
      NIE13_A_1047 n.s. n.s. I4a E19
   Abeokuta south Live bird market Pigeon NIE13_A_1036 G18 P[17]a I4 E19
      NIE13_A_1037 b G19a n.s. I4 E19
      NIE13_A_1038 G18 P[17] I4 E19
     Duck NIE13_A_1164 n.s. n.s. n.s. E19
     Chicken NIE13_A_1081 n.s. n.s. n.s. E19
      NIE13_A_1085 n.s. n.s. I4 E19
      NIE13_A_1138 b n.s. P[17]a n.s. E10
    Backyard farm Pigeon NIE13_A_1072 G18 P[17] I4 E19
      NIE13_A_1074 n.s. n.s. I4a E19
      NIE13_A_1075 b G19a n.s. I4a E19
  Oyo Akinyele Live bird market Guinea Fowl NIE13_A_1069 n.s. n.s. I4a E19
      NIE13_A_1070 n.s. n.s. I4a E19
      NIE13_A_1071 n.s. n.s. I4a E19
   Ibadan North Live bird market Quail NIE13_A_1119 n.s. n.s. I4a E19
  1. n.s. no sequence
  2. a Sequence too short for definite genotype allocation using the criteria of the RCWG
  3. b Potential reassortants
  4. Bold face sequences are shown in phylogenetic tree of Figs. 2 and 3