From: L1 and L2 gene polymorphisms in HPV-58 and HPV-33: implications for vaccine design and diagnosis
Sequence pattern | HPV58 L2 Nucleotide sequence | n | Sub-lineages | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | |||
4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 9 | 9 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | |||
5 | 7 | 4 | 5 | 7 | 0 | 2 | 2 | 3 | 4 | 0 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 6 | 2 | 9 | 3 | 6 | 8 | 8 | 4 | 7 | |||
2 | 0 | 9 | 8 | 0 | 9 | 1 | 7 | 5 | 5 | 0 | 0 | 4 | 9 | 3 | 6 | 6 | 6 | 5 | 7 | 7 | 2 | 9 | 0 | 9 | |||
D90400 | G | G | T | A | G | A | A | T | A | A | G | G | A | A | T | A | G | A | G | A | A | A | G | A | A | ||
KU550639 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 33 | A1 |
KU550640 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A1 |
KU550641 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 18 | A1 |
KU550642 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 5 | A1 |
KU550643 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | C | - | - | - | A | - | - | 1 | A1 |
KU550644 | - | - | - | - | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | T | C | - | - | - | A | - | - | 1 | A1 |
KU550645 | - | - | - | - | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 36 | A1 |
KU550646 | - | A | - | - | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 6 | A1 |
KU550647 | - | - | - | - | - | - | C | C | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 1 | A1 |
KU550648 | A | - | - | - | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 4 | A1 |
KU550649 | - | - | - | G | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 1 | A1 |
KU550650 | - | - | G | G | - | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 4 | A1 |
KU550651 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | - | C | - | A | - | - | 10 | A2 |
KU550652 | - | - | - | - | - | - | C | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | - | C | - | A | - | - | 2 | A2 |
KU550653 | - | - | - | - | - | - | C | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | - | - | - | A | C | - | 1 | A2 |
KU550654 | - | - | - | - | - | G | - | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | - | - | - | A | C | - | 2 | A2 |
KU550655 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | C | C | - | - | - | A | C | - | 8 | A2 |
KU550656 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | - | - | T | A | C | - | 7 | A2 |
KU550657 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | - | - | - | A | C | - | 25 | A2 |
KU550658 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | - | - | G | G | G | - | A | - | C | G | - | - | A | C | - | 6 | A2 |
KU550659 | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | T | - | G | G | G | - | A | - | C | G | - | - | A | C | - | 1 | A2 |
KU550660 | - | - | - | - | A | G | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | A | - | - | 1 | A3 |
KU550661 | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | A | - | C | - | - | - | A | - | C | 2 | A3 |
KU550662 | - | - | - | - | A | G | - | C | C | - | - | - | - | - | - | - | A | - | C | - | - | - | A | - | C | 22 | A3 |
N | D | D | A | T | M | ||||||||||||||||||||||
G | S | 2 | 2 | 2 | 4 | 4 | 4 | ||||||||||||||||||||
aa mutation | 7 | 7 | - | - | - | - | - | - | 3 | - | 5 | 5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | 3 | 4 | 201 | |
0 | 6 | 1 | 3 | 3 | 6 | 3 | 6 | ||||||||||||||||||||
E | N | T | Y | H | T | P | L | ||||||||||||||||||||
second structure | - | - | - | - | - | - | - | - | - | S | S | S | - | S | S | - | - | - | S | - | - | - | S | - | - |