From: L1 and L2 gene polymorphisms in HPV-58 and HPV-33: implications for vaccine design and diagnosis
Sequence pattern | HPV58 L1 Nucleotide sequence | n | Sub-lineages | |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | |||
7 | 7 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 9 | 0 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 7 | 7 | 8 | 8 | 8 | 8 | 9 | |||
4 | 9 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 3 | 7 | 8 | 1 | 0 | 1 | 3 | 3 | 5 | 7 | 8 | 0 | 0 | 1 | 2 | 3 | 6 | 4 | 8 | 9 | 9 | 9 | 2 | 2 | 6 | 8 | 9 | |||
7 | 8 | 1 | 7 | 9 | 2 | 8 | 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 6 | 4 | 7 | 8 | 0 | 5 | 0 | 3 | 7 | 1 | 9 | 0 | 1 | 8 | 5 | 7 | 8 | 7 | 9 | 0 | 1 | 9 | |||
D90400 | T | C | A | C | A | A | A | C | T | G | A | G | A | T | A | G | T | T | C | A | T | A | A | A | G | C | A | G | A | C | A | A | A | A | ||
KU550602 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 7 | A1 |
KU550603 | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 13 | A1 |
KU550604 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A1 |
KU550605 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | A1 |
KU550606 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | 31 | A1 |
KU550607 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | G | - | - | 1 | A1 |
KU550608 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | A | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550609 | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550610 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A1 |
KU550611 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5 | A1 |
KU550612 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A1 |
KU550613 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550614 | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | A1 |
KU550615 | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550616 | - | T | - | - | C | - | - | A | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 3 | A1 |
KU550617 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | A1 |
KU550618 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 3 | A1 |
KU550619 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | A | - | - | - | - | 2 | A1 |
KU550620 | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550621 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 36 | A1 |
KU550622 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 6 | A1 |
KU550623 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | 3 | A1 |
KU550624 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | C | - | - | - | 2 | A1 |
KU550625 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A2 |
KU550626 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | C | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 6 | A2 |
KU550627 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | C | - | - | - | C | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A2 |
KU550628 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | - | G | G | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | A2 |
KU550629 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | A | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A2 |
KU550630 | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | G | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A2 |
KU550631 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | G | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3 | A2 |
KU550632 | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | G | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2 | A2 |
KU550633 | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5 | A2 |
KU550634 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 28 | A2 |
KU550635 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | G | C | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | C | 9 | A2 |
KU550636 | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | 5 | A3 |
KU550637 | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | 8 | A3 |
KU550638 | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | T | - | - | - | G | - | - | - | - | - | G | A | - | - | G | - | 10 | A3 |
L | F | I | T | E | I | N | K | |||||||||||||||||||||||||||||
N | 1 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||
aa mutation | - | - | - | - | 8 | - | - | - | - | - | 5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | 2 | - | - | 7 | 7 | - | 1 | - | 2 | - | - | 7 | 223 | |
2 | 0 | 8 | 5 | 5 | 7 | 2 | 2 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||
T | F | Y | M | N | D | V | T | Q | ||||||||||||||||||||||||||||
second structure | S | S | S | - | - | - | S | - | S | - | - | H | H | - | - | - | - | - | - | - | H | S | S | - | S | - | - | H | H | - | - | - | - | - |