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Table 4 Nucleotide sequence mutation at L1 of 37 HPV-58 isolates

From: L1 and L2 gene polymorphisms in HPV-58 and HPV-33: implications for vaccine design and diagnosis

Sequence pattern

HPV58 L1 Nucleotide sequence

n

Sub-lineages

 

5

5

5

5

5

5

5

5

5

5

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

6

  
 

7

7

8

8

8

8

8

8

8

9

0

4

4

4

4

4

4

4

5

5

5

5

5

5

6

6

6

7

7

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8

8

8

9

  
 

4

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0

0

0

2

2

3

7

8

1

0

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3

5

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0

0

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2

2

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7

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1

7

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0

1

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5

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8

7

9

0

1

9

  

D90400

T

C

A

C

A

A

A

C

T

G

A

G

A

T

A

G

T

T

C

A

T

A

A

A

G

C

A

G

A

C

A

A

A

A

  

KU550602

-

-

-

-

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-

-

-

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-

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-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

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-

-

-

-

-

-

-

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-

-

7

A1

KU550603

-

-

-

A

-

-

-

-

-

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-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

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-

13

A1

KU550604

-

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-

-

G

-

-

-

-

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-

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-

-

4

A1

KU550605

-

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-

-

-

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-

-

-

-

-

-

-

-

G

-

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2

A1

KU550606

-

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-

-

-

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-

-

-

-

-

-

-

-

-

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-

-

-

-

G

-

-

31

A1

KU550607

-

-

-

-

-

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-

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-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

C

-

-

-

-

G

-

-

1

A1

KU550608

-

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-

-

-

-

-

-

-

-

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-

C

A

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1

A1

KU550609

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-

G

-

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-

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-

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-

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1

A1

KU550610

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-

-

A

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-

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4

A1

KU550611

-

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-

-

A

-

-

-

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-

-

-

-

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5

A1

KU550612

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-

-

-

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-

G

-

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4

A1

KU550613

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-

C

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-

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-

-

-

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-

-

G

-

A

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-

-

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1

A1

KU550614

C

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-

C

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-

-

-

-

-

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-

-

-

G

-

A

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-

-

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2

A1

KU550615

-

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-

G

-

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

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1

A1

KU550616

-

T

-

-

C

-

-

A

-

-

C

-

-

-

-

-

-

-

-

-

A

-

-

-

-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

3

A1

KU550617

-

-

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-

-

-

-

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-

A

-

-

-

-

-

-

-

-

-

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-

G

-

A

-

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2

A1

KU550618

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-

-

-

A

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-

-

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-

G

-

A

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3

A1

KU550619

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-

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-

G

-

A

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-

A

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2

A1

KU550620

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-

G

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-

-

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-

-

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-

G

-

A

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1

A1

KU550621

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-

-

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-

-

-

-

-

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-

-

-

G

-

A

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-

36

A1

KU550622

-

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-

-

-

-

-

-

-

-

C

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-

-

-

-

-

G

-

A

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-

-

-

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-

6

A1

KU550623

-

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-

-

A

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-

G

-

A

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3

A1

KU550624

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-

-

-

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-

-

-

-

-

-

-

G

-

A

-

-

-

-

C

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-

-

2

A1

KU550625

-

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-

-

G

C

-

-

-

-

-

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-

G

-

A

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1

A2

KU550626

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-

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-

C

-

G

C

-

-

-

C

-

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-

-

G

-

A

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-

-

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6

A2

KU550627

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-

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-

-

-

-

G

C

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-

-

C

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-

-

G

-

A

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1

A2

KU550628

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-

-

C

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G

C

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-

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-

G

G

A

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2

A2

KU550629

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-

-

C

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G

C

-

A

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-

-

G

-

A

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4

A2

KU550630

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G

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-

-

C

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G

C

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-

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-

-

-

-

G

G

-

A

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-

-

4

A2

KU550631

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-

C

-

G

C

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-

-

G

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-

G

-

A

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3

A2

KU550632

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G

-

C

-

G

C

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G

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G

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A

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2

A2

KU550633

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G

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-

C

-

G

C

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-

-

-

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-

G

-

A

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5

A2

KU550634

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-

C

-

G

C

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-

-

-

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-

G

-

A

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-

-

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28

A2

KU550635

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-

-

C

-

G

C

-

-

-

-

-

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-

-

G

-

A

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-

-

-

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-

C

9

A2

KU550636

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G

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-

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G

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-

-

-

A

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5

A3

KU550637

C

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-

C

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-

G

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-

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-

A

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8

A3

KU550638

C

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-

C

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-

T

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G

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G

A

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-

G

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10

A3

           

L

         

F

 

I

  

T

E

 

I

 

N

  

K

  
     

N

     

1

         

3

 

3

  

3

3

 

4

 

4

  

4

  

aa mutation

-

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8

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5

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-

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-

-

1

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2

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7

7

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1

-

2

-

-

7

223

 
     

2

     

0

         

8

 

5

  

5

7

 

2

 

2

  

9

  
     

T

     

F

         

Y

 

M

  

N

D

 

V

 

T

  

Q

  

second structure

S

S

S

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S

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S

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H

H

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H

S

S

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S

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H

H

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  1. Note: D90400 was used as reference. The nucleotides conserved with respect to the reference sequence are marked with a dash(-), whereas a variation position was indicated by a letter. Predicted amino acid changes were also shown. The “S” in the last row of the table means Sheet, the “H” means Helix