Table 2 Nucleotide sequence mutation at L1 of 13 HPV-33 isolates
From: L1 and L2 gene polymorphisms in HPV-58 and HPV-33: implications for vaccine design and diagnosis
Sequence pattern | HPV33 L1 Nucleotide sequence | n | Sub-lineages | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5 | 5 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 7 | 7 | |||
7 | 9 | 9 | 9 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 7 | 9 | 0 | 0 | |||
6 | 6 | 9 | 9 | 8 | 9 | 9 | 6 | 7 | 8 | 2 | 4 | 1 | 6 | 7 | 9 | 4 | 5 | 4 | 6 | |||
0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 0 | 6 | 3 | 8 | 7 | 0 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 8 | 1 | 4 | 3 | |||
M12732 | C | T | G | A | T | C | G | T | T | A | G | A | T | A | A | A | A | A | C | G | ||
KU550663 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 39 | A1 |
KU550664 | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4 | A1 |
KU550665 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | 1 | A1 |
KU550666 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550667 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | 2 | A1 |
KU550668 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | 54 | A1 |
KU550669 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | A | 1 | A1 |
KU550670 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | - | - | - | - | - | - | - | - | A | 2 | A1 |
KU550671 | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | A | 1 | A1 |
KU550672 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | C | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550673 | - | - | - | G | - | A | A | - | - | - | - | G | - | G | - | - | - | - | - | - | 4 | A1 |
KU550674 | - | - | - | - | - | A | A | C | - | - | - | G | - | G | - | - | - | - | - | - | 1 | A1 |
KU550675 | A | - | A | - | - | A | - | - | C | - | - | - | C | G | G | - | C | - | - | - | 13 | A2 |
G | K | T | G | E | K | P | ||||||||||||||||
T | 1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 4 | 4 | |||||||||||||||
aa mutation | 5 | - | 3 | 3 | - | 6 | 6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 8 | 5 | 8 | - | 124 | |
6 | 3 | 5 | 6 | 8 | 5 | 3 | 4 | |||||||||||||||
N | S | R | K | E | D | T | H | |||||||||||||||
second struture | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | H | - | - | H | H | - | H | - | - | - | ||