From: Analysis of coevolution in nonstructural proteins of chikungunya virus
a: Amino acid variations of Delhi samples in nsP1 | ||||||||||||
Name of protein | Sample Site | 128 | 253 | 314 | 376 | 488 | ||||||
CHIKV nsp1 | S27- African Prototype | T | K | M | T | Q | ||||||
Andhra Pradesh | K | K | L/M | M | R | |||||||
(n = 5) | ||||||||||||
Gujarat | K | K | L/M | M | R | |||||||
(n = 5) | ||||||||||||
Karnataka | K | K | L | M | R | |||||||
(n = 3) | ||||||||||||
Kerala | K | K | L/M | M | R | |||||||
(n = 9) | ||||||||||||
Rajasthan | K | K | M | M | R | |||||||
(n = 2) | ||||||||||||
Tamil Nadu | K | K | M | M | R | |||||||
(n = 1) | ||||||||||||
West Bengal | T | T | M | T | Q | |||||||
(n = 1) | ||||||||||||
Maharashtra | T/K | T/K | M | M | R | |||||||
(n = 3) | ||||||||||||
Delhi | K | K | M | M | R | |||||||
(n = 14) | ||||||||||||
b: Amino acid variations of Delhi samples in nsP2 | ||||||||||||
Name of protein | Sample Site | 48 | 54 | 181 | 237 | 238 | 329 | 374 | 411 | 539 | 708 | 793 |
CHIKV nsp2 | S27- African Prototype | V | N | V | L | L | K | H | N | L | L | A |
Andhra Pradesh | V | N | V | L | L | K | Y | N | L | L | V | |
(n = 5) | ||||||||||||
Gujarat | V | N | V | L | L | K | Y | N | L | L | V | |
(n = 5) | ||||||||||||
Karnataka | V | N | V/A | L | L | K | Y | N | L | L | V | |
(n = 3) | ||||||||||||
Kerala | A/V | N | V | R/L | P/L | E/K | Y | D/N | L/S | P/L | V | |
(n = 9) | ||||||||||||
Rajasthan | V | N | V | L | L | K | Y | N | L | L | V | |
(n = 2) | ||||||||||||
Tamil Nadu | V | N | V | L | L | K | Y | N | L | L | V | |
(n = 1) | ||||||||||||
West Bengal | V | S | V | L | L | K | H | N | L | L | A | |
(n = 1) | ||||||||||||
Maharashtra | V | S/N | V | L | L | K | H/Y | N | L | L | V/A | |
(n = 3) | ||||||||||||
Delhi | V | N | V | L | L | K | Y | N | L | L | V | |
(n = 14) | ||||||||||||
c: Amino acid variations of Delhi samples in nsP3 | ||||||||||||
Name of protein | Sample Site | 175 | 217 | 341 | 353 | 501 | ||||||
CHIKV nsp3 | S27- African Prototype | V | Y | T | I | L | ||||||
Andhra Pradesh | I | H | T/M | I | L | |||||||
(n = 5) | ||||||||||||
Gujarat | I | H | T | I | S/L | |||||||
(n = 5) | ||||||||||||
Karnataka | I | H | T | I | S/L | |||||||
(n = 3) | ||||||||||||
Kerala | I | H | T | I | L | |||||||
(n = 9) | ||||||||||||
Rajasthan | I | H | T | I | L | |||||||
(n = 2) | ||||||||||||
Tamil Nadu | I | H | M | I | L | |||||||
(n = 1) | ||||||||||||
West Bengal | V | Y | T | T | L | |||||||
(n = 1) | ||||||||||||
Maharashtra | I/V | Y/H | T | I/T | L | |||||||
(n = 3) | ||||||||||||
Delhi | I | H | T | I | L | |||||||
(n = 14) | ||||||||||||
d: Amino acid variations of Delhi samples in nsP4 | ||||||||||||
Name of protein | Sample Site | 43 | 85 | 90 | 235 | |||||||
CHIKV nsp4 | S27- African Prototype | A | R | S | Q | |||||||
Andhra Pradesh | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 5) | ||||||||||||
Gujarat | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 5) | ||||||||||||
Karnataka | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 3) | ||||||||||||
Kerala | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 9) | ||||||||||||
Rajasthan | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 2) | ||||||||||||
Tamil Nadu | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 1) | ||||||||||||
West Bengal | L | K | A | R | ||||||||
(n = 1) | ||||||||||||
Maharashtra | L/A | K/R | A/S | R/Q | ||||||||
(n = 3) | ||||||||||||
Delhi | A | R | S | Q | ||||||||
(n = 14) |