Table 1 Marker nucleotide positions (95 % CI) in the ORF2 among PCV2 proposed genotypes are shown in boldface. The marker positions are not reported for PCV2b since this genotype was used as the reference genotype. The number of reference strains for each genotype and the number of sequences not fitting these marker positions are reported in the header and between brackets, respectively
Genotype/Position | PCV2a (169) | PCV2b (532) | PCV2c (3) | PCV2d (201) |
|---|---|---|---|---|
129 | C (4) | C (3) | A (0) | C (0) |
138 | C (2) | C (2) | T (0) | C (0) |
154 | A (0) | A (0) | T (0) | A (1) |
157 | T (1) | T (4) | T (0) | A (3) |
159 | C (0) | C (2) | T (0) | C (5) |
161 | G (0) | G (0) | T (0) | G (0) |
162 | A (4) | A (6) | T (0) | T (5) |
168 | T (1) | T (1) | C (0) | T (0) |
178 | A (0) | A (1) | T (0) | A (0) |
180 | C (1) | C (2) | A (0) | C (2) |
181 | A (0) | A (0) | C (0) | A (0) |
182 | C (0) | C (0) | A (0) | C (0) |
187 | A (3) | A (1) | T (0) | A (0) |
190 | A (2) | A (0) | C (0) | A (0) |
198 | C (2) | C (8) | T (0) | C (0) |
232 | G (2) | G (0) | C (0) | G (0) |
255 | G (1) | C (5) | C (0) | C (2) |
256 | A (2) | T (3) | T (0) | T (0) |
258 | C (2) | A (4) | A (0) | A (0) |
262 | A (1) | C (3) | C (0) | C (0) |
263 | A (0) | C (1) | C (0) | C (0) |
264 | A (0) | C (1) | C (0) | C (0) |
265 | A (2) | C (1) | C (0) | C (0) |
271 | A (5) | G (0) | G (0) | G (0) |
273 | A (1) | G (9) | G (0) | G (10) |
306 | G (0) | G (1) | A (0) | G (2) |
309 | T (2) | T (2) | G (0) | T (0) |
317 | G (0) | G (0) | T (0) | G (0) |
318 | G (0) | G (2) | T (0) | G (0) |
319 | C (0) | C(0) | G (0) | C (0) |
322 | T (0) | T (0) | A (0) | T (0) |
324 | C (4) | C (4) | A (0) | C (0) |
339 | G (1) | G (7) | A (0) | G (3) |
513 | T (0) | T (4) | T (0) | C (0) |
585 | C (1) | C (1) | T (0) | T (2) |
597 | C (2) | C (10) | A (0) | C (0) |
598 | A (2) | A (4) | C (0) | A (0) |
599 | C (8) | C (4) | A (0) | C (0) |
600 | T (3) | T (1) | C (0) | T (0) |
606 | C (1) | C (3) | T (0) | C (0) |
607 | G (0) | G (1) | C (0) | G (0) |
619 | T (0) | T (1) | A (0) | T (0) |
621 | C (0) | C (2) | T (0) | C (0) |
623 | A (0) | A (2) | C (0) | A (0) |
629 | A (0) | A (2) | C (0) | A (0) |
637 | A (1) | A (2) | G (0) | A (0) |
643 | G (2) | G (2) | G (0) | A (4) |