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Table 2 Alignment of deduced amino acid sequences of the F protein of NDV

From: Characterization of emerging Newcastle disease virus isolates in China

strains

Amino acid residues

 

Clone 30

M

G

S

R

P

S

T

K

N

P

A

P

M

M

L

T

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R

V

A

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V

L

S

C

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C

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A

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S

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G

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P

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A

A

A

40

   

B1

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F

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F

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LaSota

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Mukteswar

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Herts/33

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S

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V

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P

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NL/152608/93

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K

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V

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M

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chicken/Kudus/018/10

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K

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V

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chicken/Sweden/97

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K

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L

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Sterna/Astr/2755/2001

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K

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TW-99-175

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XJ-2/97

   

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M

 

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JS/1/97/Go

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BP01

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K

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M

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Guangxi9/2003

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K

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JS/9/05/Go

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P

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S

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R

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T

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A

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V

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HA-14-07-Ch

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K

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M

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G

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JSD0812

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K

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M

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sh09

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M

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chicken/China/JSX1/2010

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JS-12-11-Ch

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NDV/Chicken/TC/1/2011

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K

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NDV/Chicken/TC/2/2011

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NDV/Chicken/TC/3/2011

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NDV/Chicken/TC/4/2011

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K

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NDV/Chicken/TC/5/2011

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K

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NDV/Chicken/TC/6/2011

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K

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NDV/Chicken/TC/7/2011

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K

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R

I

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M

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R

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L

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NDV/Chicken/TC/8/2011

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K

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M

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R

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S

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NDV/Chicken/TC/9/2011

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K

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R

I

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P

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M

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PX2/03

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K

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Chicken/China/Hebei/02/2012

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K

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M

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Shangdong/02/2012

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K

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M

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YZCQ/Liaoning/08

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K

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Beijing/01/2012

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K

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V

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SD-02-11-Ch

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Ch/SD672/12

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Ch/SD754/12

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Ch/SD755/12

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Ch/SD758/12

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Ch/SD01/13

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TW/99-156B

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TW-02-301

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TW-02-302

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TW-04-CB8

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TW/08-02

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strains

Amino acid residues

 

Clone 30

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K

A

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80

   

B1

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LaSota

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Mukteswar

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Herts/33

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NL/152608/93

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chicken/Kudus/018/10

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V

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chicken/Sweden/97

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M

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Sterna/Astr/2755/2001

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M

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TW-99-175

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XJ-2/97

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JS/1/97/Go

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BP01

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JS/5/06/Go

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HA-14-07-Ch

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JSD0812

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M

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R

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sh09

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V

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.

.

M

.

R

.

.

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.

.

    

chicken/China/JSX1/2010

.

.

.

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.

V

.

.

.

.

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.

.

M

.

R

.

.

.

.

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.

.

    

JS-12-11-Ch

.

.

.

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.

.

V

.

.

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.

.

.

M

.

R

.

.

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.

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.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/1/2011

.

.

.

.

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.

S

V

.

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.

.

M

.

R

.

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.

.

    

NDV/Chicken/TC/2/2011

.

.

.

.

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.

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.

.

.

S

V

.

.

.

.

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.

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.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/3/2011

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

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.

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.

.

.

M

.

R

.

.

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.

.

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.

.

    

NDV/Chicken/TC/4/2011

.

.

.

.

.

.

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.

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.

S

V

.

.

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.

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.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/5/2011

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

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.

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.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/6/2011

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/7/2011

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/8/2011

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

NDV/Chicken/TC/9/2011

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

PX2/03

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

   

Chicken/China/Hebei/02/2012

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

   

Shangdong/02/2012

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

YZCQ/Liaoning/08

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

.

M

.

.

.

.

.

.

.

.

.

D

.

.

   

Beijing/01/2012

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

SD-02-11-Ch

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

Ch/SD672/12

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

.

.

.

    

Ch/SD754/12

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

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.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

Ch/SD755/12

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

Ch/SD758/12

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

Ch/SD01/13

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

L

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

R

.

.

.

.

.

.

R

.

.

.

   

TW/99-156B

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

V

.

.

.

.

.

.

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.

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.

I

.

.

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.

.

    

TW-02-301

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

S

V

.

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.

.

.

.

.

M

.

.

.

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.

.

.

.

    

TW-02-302

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

S

V

.

.

.

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.

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

M

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

    

TW-04-CB8

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

.

.

.

G

.

.

.

.

.

.

    

TW/08-02

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

S

V

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

M

.

.

.

.

.

G

.

.

.

.

.

    

strains

Amino acid residues

 
                    

101

         

112

   

117

 

121

        

Clone 30

L

D

A

Y

N

R

T

L

T

T

L

L

T

P

L

G

D

S

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R

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E

S

V

T

T

S

G

G

G

R

Q

G

R

L

I

G

A

I

I

G

123

B1

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

 

LaSota

.

.

.

.

.

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.

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.

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.

.

.

.

.

 

Mukteswar

.

E

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

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.

.

.

.

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.

.

R

.

.

R

.

F

.

.

.

.

.

.

 

Herts/33

.

E

.

.

.

.

.

.

.

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.

.

.

.

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.

.

.

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.

.

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.

.

.

R

.

.

R

.

F

.

.

.

.

.

.

 

NL/152608/93

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

P

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

chicken/Kudus/018/10

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

A

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

chicken/Sweden/97

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

R

.

F

.

.

.

V

.

.

 

Sterna/Astr/2755/2001

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

R

.

F

.

.

.

V

.

.

 

TW-99-175

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

XJ-2/97

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

JS/1/97/Go

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

R

.

.

R

.

F

.

.

.

.

.

.

 

BP01

.

E

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

JS/5/06/Go

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

HA-14-07-Ch

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

JSD0812

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

sh09

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

Y

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

chicken/China/JSX1/2010

.

E

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

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K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

JS-12-11-Ch

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/1/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/2/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/3/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/4/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/5/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/6/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/7/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

KNDV/Chicken/TC/8/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

G

.

.

S

.

.

.

.

R

.

.

K

.

F

.

.

.

V

.

.

 

NDV/Chicken/TC/9/2011

.

E

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

.

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.

.

S

.

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R

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K

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V

.

.

 

PX2/03

.

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.

.

.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

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G

.

.

S

.

.

G

.

R

.

.

K

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F

.

.

.

V

.

.

 

Hebei/02/2012

.

E

.

.

.

.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

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K

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G

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S

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R

.

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K

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.

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V

.

.

 

Shangdong/02/2012

.

E

.

.

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.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

K

.

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G

.

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S

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YZCQ/Liaoning/08

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Beijing/01/2012

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SD-02-11-Ch

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Ch/SD672/12

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Ch/SD754/12

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Ch/SD755/12

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Ch/SD758/12

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Ch/SD01/13

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TW/99-156B

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TW-04-CB8

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TW/08-02

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  1. Only sequences different from the NDV strain Clone 30 are shown. The sequences at the fusion cleavage site and residues discussed in the text are underlined
  2. Residues that are identical to the NDV strain Clone 30 are indicated by a dot (.). The other published sequences were indicated in Table 1 and described previously [2, 5]. NL/152608/93: APMV-1/chicken/NL/152608/93; Hebei/01/2012: chicken/China/ Hebei/01/2012; Shandong/02/2012: chicken/China/ Shandong/02/2012; Beijing/01/2012: chicken/China/ Beijing/ 01/2012
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