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Table 2 Alignment of deduced amino acid sequences of the F protein of NDV

From: Characterization of emerging Newcastle disease virus isolates in China

strains Amino acid residues  
Clone 30 M G S R P S T K N P A P M M L T I R V A L V L S C I C P A N S I D G R P L A A A 40    
B1 . . . . . F . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . L . . . . . . . . F . . .     
LaSota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . L . . . . . . . . . . . .     
Mukteswar . . P . S . . R I . V . L . . . . . I T . A . . V R Q T V S . L . . . . . . . .     
Herts/33 . . . . S . . R I . V . P . . I . . I V . T . . . . Q T V S . L . . . . . . . .     
NL/152608/93 . . . K . . . R T . V . L . . I T . I M . I S . . . . L V S . L . . . . . . . .     
chicken/Kudus/018/10 . . . K . . . R I . V . L . . I T . I M . I . . Y . . L V S . L . . . . . . . .     
chicken/Sweden/97 . . . K . . . R I . V . L . . I T . . M . I . . . . R S I S . L . . . . . . . .     
Sterna/Astr/2755/2001 . . . K . . . R I L V . L . . I T . . M . I . . . V R S T S . L . . . . . . . .     
TW-99-175 . . . . S F . R I . . . L . . I T . I M . I . . . . . L T S . L . . . . . . . .     
XJ-2/97     K     R I     L    I T   I M   I      R L T S   L             
JS/1/97/Go . . P K S . . N V . . . L . . . V . I . . A . . . V R L T . . L . . . . . . . .     
BP01 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . I . G . . R . T S . L . . . . . . . .     
Guangxi9/2003 . . . K . . . R S . . . L . . I . . I M . I . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
JS/9/05/Go . . P . S . . R I . V . L . . T . . I T . A . . V R Q T V S . L . . . . . . . .     
HA-14-07-Ch . . . K . . . R I . . . L . . V T . I M . I . G . . R . T S . L . . . . . . . .     
JSD0812 . . . K . . . R I . . . L . . I T . T M . I . G . . . . T S . L . . . . . . . .     
sh09 . . . . . . . R I . . . L . . I T Q I M . I . . . . . . T S . L . . . . . . . .     
chicken/China/JSX1/2010 . . . K S . . R I . . . P . . V T . I M . I . G . . R . T S . L . . . . . . . .     
JS-12-11-Ch . . . K L . . R I . . . L . . I T . I I . I . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/1/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/2/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/3/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/4/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/5/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/6/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/7/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/8/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/9/2011 . . . K . . . R I . . . P V . V T . . M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
PX2/03 . . . K . . . R V . . . L . . I T . I M . I . G . . . S T S . L . . . . . . . .     
Chicken/China/Hebei/02/2012 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . I . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
Shangdong/02/2012 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
YZCQ/Liaoning/08 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . I . D . . R . T S . L . . . . . . . .     
Beijing/01/2012 . . . K . . . . I . V . L . . I T . I M . I . N . . R L T S . L . . . . . . . .     
SD-02-11-Ch . . . K L . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
Ch/SD672/12 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R . T S . L . . . . . . . .     
Ch/SD754/12 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
Ch/SD755/12 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
Ch/SD758/12 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
Ch/SD01/13 . . . K . . . R I . . . L . . I T . I L . I . N . . R L T S . L . . . . . . . .     
TW/99-156B . . . . S . . R I . . . L . . . T Q I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
TW-02-301 . . P . S . . R I . . . L . . I T . I M . T F . . . R L T S . L . . . . . . . .     
TW-02-302 . . . . S . . R I . . . L . . I T . I M . T F . . . R L T S . L . . . . . . . .     
TW-04-CB8 . . P . S . . R I . . . L . . I T . I M . T . . . . R L T S . L . . . . . . . .     
TW/08-02 . . P Q T F . R I . . . L . . I T . I M . T F . . T R L . S . L . . . . . . . .     
strains Amino acid residues  
Clone 30 G I V V T G D K A V N I Y T S S Q T G S I I V K L L P N L P K D K E A C A K A P 80    
B1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .     
LaSota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .     
Mukteswar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
Herts/33 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
NL/152608/93 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
chicken/Kudus/018/10 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
chicken/Sweden/97 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
Sterna/Astr/2755/2001 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
TW-99-175 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
XJ-2/97 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
JS/1/97/Go . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
BP01 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
JS/5/06/Go . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
HA-14-07-Ch . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
JSD0812 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
sh09 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
chicken/China/JSX1/2010 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
JS-12-11-Ch . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/1/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/2/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/3/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/4/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/5/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/6/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/7/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/8/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
NDV/Chicken/TC/9/2011 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
PX2/03 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . . .    
Chicken/China/Hebei/02/2012 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . . .    
Shangdong/02/2012 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
YZCQ/Liaoning/08 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . D . .    
Beijing/01/2012 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
SD-02-11-Ch . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
Ch/SD672/12 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . . . .     
Ch/SD754/12 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
Ch/SD755/12 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
Ch/SD758/12 . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
Ch/SD01/13 . . . . . . . . . . . V . . L . . . . . . . . . . . . . M . R . . . . . . R . . .    
TW/99-156B . . . . . . . . . . . V . . . . . . . . . . . . . . . . I . . . . . . . . . . .     
TW-02-301 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
TW-02-302 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . . . . . . .     
TW-04-CB8 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . G . . . . . .     
TW/08-02 . . . . . . . . . . S V . . . . . . . . . . . . . . . . M . . . . . G . . . . .     
strains Amino acid residues  
                     101           112     117   121         
Clone 30 L D A Y N R T L T T L L T P L G D S I R R I Q E S V T T S G G G R Q G R L I G A I I G 123
B1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  
LaSota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .  
Mukteswar . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . R . . R . F . . . . . .  
Herts/33 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . R . . R . F . . . . . .  
NL/152608/93 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . P . . R . . K . F . . . V . .  
chicken/Kudus/018/10 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . A . . . . R . . K . F . . . V . .  
chicken/Sweden/97 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . S . . . . R . . R . F . . . V . .  
Sterna/Astr/2755/2001 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . S . . . . R . . R . F . . . V . .  
TW-99-175 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
XJ-2/97 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
JS/1/97/Go . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . R . . R . F . . . . . .  
BP01 . E . . . . . . . A . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
JS/5/06/Go . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
HA-14-07-Ch . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
JSD0812 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
sh09 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . Y . . . . R . . K . F . . . V . .  
chicken/China/JSX1/2010 . E . . . . . . . A . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
JS-12-11-Ch . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/1/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/2/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/3/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/4/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/5/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/6/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/7/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
KNDV/Chicken/TC/8/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
NDV/Chicken/TC/9/2011 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
PX2/03 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . G . R . . K . F . . . V . .  
Hebei/02/2012 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
Shangdong/02/2012 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
YZCQ/Liaoning/08 . E . . . . . . . . . . . . . . E . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
Beijing/01/2012 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
SD-02-11-Ch . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
Ch/SD672/12 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
Ch/SD754/12 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . .   V . .  
Ch/SD755/12 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
Ch/SD758/12 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
Ch/SD01/13 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
TW/99-156B . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
TW-02-301 . E . . . . . . . A . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
TW-02-302 . E . . . . . . . A . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
TW-04-CB8 . E . . . . . . . . . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . K K . F . . . V . .  
TW/08-02 . E . . . . . . . A . . . . . . . . . . K . . G . . S . . . . R . . K . F . . . V . .  
  1. Only sequences different from the NDV strain Clone 30 are shown. The sequences at the fusion cleavage site and residues discussed in the text are underlined
  2. Residues that are identical to the NDV strain Clone 30 are indicated by a dot (.). The other published sequences were indicated in Table 1 and described previously [2, 5]. NL/152608/93: APMV-1/chicken/NL/152608/93; Hebei/01/2012: chicken/China/ Hebei/01/2012; Shandong/02/2012: chicken/China/ Shandong/02/2012; Beijing/01/2012: chicken/China/ Beijing/ 01/2012