Table 4 Accession numbers and reference of 106 sequences used in the phylogenetic tree
S No. | NCBI accession No. | Isolate name | Reference |
|---|---|---|---|
1. | AB017610 | TA278 | Okamoto et al ., 1998b[8] |
2. | AY823988 | 2 h | Niel et al ., 2005[22] |
3. | AY823989 | 3 h | Niel et al ., 2005[22] |
4. | AY666122 | HEL32 | Qiu et al ., 2005[11] |
5. | AB017613 | TUS01 | Okamoto et al ., 1999c[33] |
6. | AF261761 | PMV | Hallet et al ., 2000[25] |
7. | AB054647 | Kt-08f | Muljono et al ., 2001[23] |
8. | AB054648 | Kt-10f | Muljono et al ., 2001[23] |
9. | AF435014 | KAV | Heller et al ., 2001[26] |
10. | GU797360 | BIS8-17 | Unpublished |
11. | DQ187006 | BM1C-18 | Unpublished |
12. | AB064595 | CT23F | Peng et al ., 2002[28] |
13. | AB064596 | CT25F | Peng et al ., 2002[28] |
14. | AB064597 | CT30F | Peng et al ., 2002[28] |
15. | AB064604 | CT39F | Peng et al ., 2002[28] |
16. | AB064598 | CT43F | Peng et al ., 2002[28] |
17. | NC014075 | CT44F | Peng et al ., 2002[28] |
18. | AF122913 | GH1 | Mushahwar et al ., 1999[3] |
19. | AF122916 | JA1 | Erker et al ., 1999[5] |
20. | AF122918 | JA2b | Erker et al ., 1999[5] |
21. | AF122917 | JA4 | Erker et al ., 1999[5] |
22. | AF122915 | JA9 | Erker et al ., 1999[5] |
23. | AF122919 | JA10 | Erker et al ., 1999[5] |
24. | AF122914.3 | JA20 | Erker et al ., 1999[5] |
25. | AB064599 | JT03F | Peng et al ., 2002[28] |
26. | AB064600 | JT05F | Peng et al ., 2002[28] |
27. | AB064601 | JT14F | Peng et al ., 2002[28] |
28. | AB064602 | JT19F | Peng et al ., 2002[28] |
29. | AB064606 | JT33F | Peng et al ., 2002[28] |
30. | NC_014076 | JT34F | Peng et al ., 2002[28] |
31. | AB064603 | JT41F | Peng et al ., 2002[28] |
32. | AY026465 | L01 | Liu et al ., 2002[43] |
33. | AY026466 | L02 | Liu et al ., 2002[43] |
34. | AF371370 | L03 | Liu et al ., 2002[43] |
35. | NC014069 | NC014069 | Unpublished |
36. | AF298585 | P1C1 | Unpublished |
37. | AB060597 | SAa-01 | Okamoto et al ., 2001[23] |
38. | AB060594 | SAa-10 | Okamoto et al ., 2001[23] |
39. | AB060593 | SAa-38 | Okamoto et al ., 2001[23] |
40. | AB060592 | SAa-39 | Okamoto et al ., 2001[23] |
41. | AB060596 | SAf-09 | Okamoto et al ., 2001[23] |
42. | AB060595 | SAj-30 | Okamoto et al ., 2001[23] |
43. | AB025946.2 | SANBAN | Hijikata et al ., 1999[40] |
44. | AM712003 | Sle1931 | Leppik et al ., 2007[45] |
45. | AM712004 | Sle1932 | Leppik et al ., 2007[45] |
46. | AM711976| | Sle1957 | Leppik et al ., 2007[45] |
47. | AM712030 | Sle2057 | Leppik et al ., 2007[45] |
48. | AM712031 | Sle2058 | Leppik et al ., 2007[45] |
49. | AM712033 | Sle2061 | Leppik et al ., 2007[45] |
50. | AM712034 | Sle2065 | Leppik et al ., 2007[45] |
51. | AM712032 | Sle2072 | Leppik et al ., 2007[45] |
52. | AF247138 | T3PB | Biagini et al ., 2000 |
53. | AF345526 | TCHN-A | Luo et al ., 2002[44] |
54. | AF348409 | TCHN-B | Luo et al ., 2002[44] |
55. | AF345523 | TCHN-C1 | Luo et al ., 2002[44] |
56. | AF345527 | TCHN-C2 | Luo et al ., 2002[44] |
57. | AF345524 | TCHN-D1 | Luo et al ., 2002[44] |
58. | AF345525 | TCHN-D2 | Luo et al ., 2002[44] |
59. | AF345522 | TCHN-E | Luo et al ., 2002[44] |
60. | AF345528 | TCHN-F | Luo et al ., 2002[44] |
61. | AF345521 | TCHN-G1 | Luo et al ., 2002[44] |
62. | AF345529 | TCHN-G2 | Luo et al ., 2002[44] |
63. | AB028668 | TJN01 | Ukita et al ., 2000[46] |
64. | AB028669 | TJN02 | Ukita et al ., 2000[46] |
65. | AJ620218 | TTH3 | Jelcic et al ., 2004[27] |
66. | AJ620226 | TTH4 | Jelcic et al ., 2004[27] |
67. | AJ620227 | TTH5 | Jelcic et al ., 2004[27] |
68. | AJ620212 | TTH6 | Jelcic et al ., 2004[27] |
69. | AJ620230 | TTH7 | Jelcic et al ., 2004[27] |
70. | AJ620231 | TTH8 | Jelcic et al ., 2004[27] |
71. | AJ620219 | TTH9 | Jelcic et al ., 2004[27] |
72. | AJ620213 | TTH10 | Jelcic et al ., 2004[27] |
73. | AJ620214 | TTH11 | Jelcic et al ., 2004[27] |
74. | AJ620232 | TTH13 | Jelcic et al ., 2004[27] |
75. | AJ620228 | TTH14 | Jelcic et al ., 2004[27] |
76. | AJ620220 | TTH16 | Jelcic et al ., 2004[27] |
77. | AJ620221 | TTH17 | Jelcic et al ., 2004[27] |
78. | AJ620215 | TTH18 | Jelcic et al ., 2004[27] |
79. | AJ620233 | TTH19 | Jelcic et al ., 2004[27] |
80. | AJ620216 | TTH20 | Jelcic et al ., 2004[27] |
81. | AJ620217 | TTH21 | Jelcic et al ., 2004[27] |
82. | AJ620234 | TTH22g4 | Jelcic et al ., 2004[27] |
83. | AJ620235 | TTH23 | Jelcic et al ., 2004[27] |
84. | AJ620222 | TTH25 | Jelcic et al ., 2004[27] |
85. | AJ620223 | TTH26 | Jelcic et al ., 2004[27] |
86. | AJ620224 | TTH27 | Jelcic et al ., 2004[27] |
87. | AJ620229 | TTH29 | Jelcic et al ., 2004[27] |
88. | AJ620225 | TTH31 | Jelcic et al ., 2004[27] |
89. | FR751471 | TTV-HD14i | de Villiers et al ., 2011[47] |
90. | FR751472 | TTV-HD15a | de Villiers et al ., 2011[47] |
91. | FR751476 | TTV-HD16a | de Villiers et al ., 2011[47] |
92. | FR751488 | TTV-HD17 | de Villiers et al ., 2011[47] |
93. | FR751489 | TTV-HD18a | de Villiers et al ., 2011[47] |
94. | FR751491 | TTV-HD19 | de Villiers et al ., 2011[47] |
95. | FR751492 | TTV-HD20a | de Villiers et al ., 2011[47] |
96. | FR751498 | TTV-HD21 | de Villiers et al ., 2011[47] |
97. | FR751499 | TTV-HD22 | de Villiers et al ., 2011[47] |
98. | FR751500 | TTV-HD23a | de Villiers et al ., 2011[47] |
99. | FR751506 | TTV-HD24a | de Villiers et al ., 2011[47] |
100. | AB038620 | TTVsan-s039 | Takahashi et al ., 2000[48] |
101. | AB038621 | TTVyon-Kc009 | Takahashi et al ., 2000[48] |
102. | AF247137 | TUPB | Biagini et al ., 2000[49] |
103. | AB050448 | TYM9 | Okamoto et al ., 2000[50] |
104. | AF122921 | US32 | Erker et al ., 1999[5] |
105. | AF122920 | US35 | Erker et al ., 1999[5] |
106. | DQ361268 | ViPi04 | Maggi et al ., 2006[24] |