TY - JOUR AU - Abuladze, T. AU - Li, M. AU - Menetrez, M. Y. AU - Dean, T. AU - Senecal, A. AU - Sulakvelidze, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacteriophages reduce experimental contamination of hard surfaces, tomato, spinach, broccoli, and ground beef by Escherichia coli O157:H7 JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01465-08 DO - 10.1128/AEM.01465-08 ID - Abuladze2008 ER - TY - JOUR AU - Atterbury, R. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bacteriophage biocontrol in animals and meat products JO - Microb Biotechnol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1111/j.1751-7915.2009.00089.x DO - 10.1111/j.1751-7915.2009.00089.x ID - Atterbury2009 ER - TY - JOUR AU - Mahony, J. AU - Mauliffe, O. AU - Ross, R. P. AU - van Sinderen, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Bacteriophages as biocontrol agents of food pathogens JO - Current Opinion in Biotechnology VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2010.10.008 DO - 10.1016/j.copbio.2010.10.008 ID - Mahony2011 ER - TY - BOOK AU - Parviz, S. AU - Griffiths, M. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bacteriophages in the Control of Food- and Water-borne Pathogens PB - ASM Press CY - Washington, DC ID - Parviz2010 ER - TY - JOUR AU - Rees, C. E. AU - Dodd, C. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phage for rapid detection and control of bacterial pathogens in food JO - Adv Appl Microbiol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2164(06)59006-9 DO - 10.1016/S0065-2164(06)59006-9 ID - Rees2006 ER - TY - CHAP AU - Sulakvelidze, A. AU - Barrow, P. ED - Kutter, E. ED - Sulakvelidse, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Phage therapy in animals and agribusiness BT - Bacteriophages: biology and applications PB - CRC Press CY - Washington, D.C. ID - Sulakvelidze2005 ER - TY - JOUR AU - Bach, S. A. AU - McAllistera, T. A. AU - Veirab, D. M. AU - Gannonc, V. P. J. AU - Holley, R. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Effect of bacteriophage DC22 on Escherichia coli O157:H7 in an artificial rumen system (Rusitec) and inoculated sheep JO - Anim Res VL - 52 UR - https://doi.org/10.1051/animres:2003009 DO - 10.1051/animres:2003009 ID - Bach2003 ER - TY - JOUR AU - Callaway, T. R. AU - Edrington, T. S. AU - Brabban, A. D. AU - Anderson, R. C. AU - Rossman, M. L. AU - Engler, M. J. AU - Carr, M. A. AU - Genovese, K. J. AU - Keen, J. E. AU - Looper, M. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacteriophage isolated from feedlot cattle can reduce Escherichia coli O157:H7 populations in ruminant gastrointestinal tracts JO - Foodborne Pathog Dis VL - 5 UR - https://doi.org/10.1089/fpd.2007.0057 DO - 10.1089/fpd.2007.0057 ID - Callaway2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, R. P. AU - Gyles, C. L. AU - Huff, W. E. AU - Ojha, S. AU - Huff, G. R. AU - Rath, N. C. AU - Donoghue, A. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bacteriophages for prophylaxis and therapy in cattle, poultry, and pigs JO - Anim Health Res Rev VL - 9 UR - https://doi.org/10.1017/S1466252308001576 DO - 10.1017/S1466252308001576 ID - Johnson2008 ER - TY - JOUR AU - Kudva, I. T. AU - Jelacic, S. AU - Tarr, P. I. AU - Youderian, P. AU - Hovde, C. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Biocontrol of Escherichia coli O157 with O157-specific bacteriophages JO - Appl Environ Microbiol VL - 65 ID - Kudva1999 ER - TY - JOUR AU - Loc Carrillo, C. AU - Atterbury, R. J. AU - El-Shibiny, A. AU - Connerton, P. L. AU - Dillon, E. AU - Scott, A. AU - Connerton, I. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Bacteriophage Therapy To Reduce Campylobacter jejuni Colonization of Broiler Chickens JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.11.6554-6563.2005 DO - 10.1128/AEM.71.11.6554-6563.2005 ID - Loc Carrillo2005 ER - TY - JOUR AU - Raya, R. R. AU - Oot, R. A. AU - Moore-Maley, B. AU - Wieland, S. AU - Callaway, T. R. AU - Kutter, E. M. AU - Brabban, A. D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Naturally resident and exogenously applied T4-like and T5-like bacteriophages can reduce Escherichia coli O157:H7 levels in sheep guts JO - Bacteriophage VL - 1 UR - https://doi.org/10.4161/bact.1.1.14175 DO - 10.4161/bact.1.1.14175 ID - Raya2011 ER - TY - JOUR AU - Raya, R. R. AU - Varey, P. AU - Oot, R. A. AU - Dyen, M. R. AU - Callaway, T. R. AU - Edrington, T. S. AU - Kutter, E. M. AU - Brabban, A. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Isolation and characterization of a new T-even bacteriophage, CEV1, and determination of its potential to reduce Escherichia coli O157:H7 levels in sheep JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03011-05 DO - 10.1128/AEM.03011-05 ID - Raya2006 ER - TY - JOUR AU - Sheng, H. AU - Knecht, H. J. AU - Kudva, I. T. AU - Hovde, C. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Application of bacteriophages to control intestinal Escherichia coli O157:H7 levels in ruminants JO - Appl Environ Microbiol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00099-06 DO - 10.1128/AEM.00099-06 ID - Sheng2006 ER - TY - JOUR AU - El-Shibiny, A. AU - Scott, A. AU - Timms, A. AU - Metawea, Y. AU - Connerton, P. AU - Connerton, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Application of a group II Campylobacter bacteriophage to reduce strains of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli colonizing broiler chickens JO - J Food Prot VL - 72 ID - El-Shibiny2009 ER - TY - JOUR AU - Niu, Y. D. AU - McAllister, T. A. AU - Xu, Y. AU - Johnson, R. P. AU - Stephens, T. P. AU - Stanford, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Prevalence and impact of bacteriophages on the presence of Escherichia coli O157:H7 in feedlot cattle and their environment JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02100-08 DO - 10.1128/AEM.02100-08 ID - Niu2009 ER - TY - JOUR AU - Callaway, T. R. AU - Edrington, T. S. AU - Brabban, A. D. AU - Keen, J. E. AU - Anderson, R. C. AU - Rossman, M. L. AU - Engler, M. J. AU - Genovese, K. J. AU - Gwartney, B. L. AU - Reagan, J. O. PY - 2006 DA - 2006// TI - Fecal prevalence of Escherichia coli O157, Salmonella, Listeria, and Bacteriophage Infecting E. coli O157:H7 in feedlot cattle in the Southern Plains region of the United States JO - Foodborne Pathog Dis VL - 3 UR - https://doi.org/10.1089/fpd.2006.3.234 DO - 10.1089/fpd.2006.3.234 ID - Callaway2006 ER - TY - JOUR AU - Oot, R. A. AU - Raya, R. R. AU - Callaway, T. R. AU - Edrington, T. S. AU - Kutter, E. M. AU - Brabban, A. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Prevalence of Escherichia coli O157 and O157:H7-infecting bacteriophages in feedlot cattle feces JO - Lett Appl Microbiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2007.02211.x DO - 10.1111/j.1472-765X.2007.02211.x ID - Oot2007 ER - TY - JOUR AU - Ackermann, H. W. AU - Berthiaume, L. AU - Kasatiya, S. S. PY - 1970 DA - 1970// TI - Ultrastructure of Vi phages I to VII of Salmonella typhi JO - Can J Microbiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1139/m70-070 DO - 10.1139/m70-070 ID - Ackermann1970 ER - TY - JOUR AU - Pickard, D. AU - Toribio, A. L. AU - Petty, N. K. AU - van Tonder, A. AU - Yu, L. AU - Goulding, D. AU - Barrell, B. AU - Rance, R. AU - Harris, D. AU - Wetter, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - A conserved acetyl esterase domain targets diverse bacteriophages to the Vi capsular receptor of Salmonella enterica serovar Typhi JO - J Bacteriol VL - 192 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00659-10 DO - 10.1128/JB.00659-10 ID - Pickard2010 ER - TY - JOUR AU - Boyce, P. AU - Setlow, R. B. PY - 1962 DA - 1962// TI - Simple method of increasing the incorporation of thymidine into the DNAQ of E. coli JO - Biochim Biophys Acta VL - 61 ID - Boyce1962 ER - TY - JOUR AU - Anany, H. AU - Lingohr, E. J. AU - Villegas, A. AU - Ackermann, H. W. AU - She, Y. M. AU - Griffiths, M. W. AU - Kropinski, A. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A Shigella boydii bacteriophage which resembles Salmonella phage ViI JO - Virol J VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-8-242 DO - 10.1186/1743-422X-8-242 ID - Anany2011 ER - TY - JOUR AU - Carver, T. J. AU - Rutherford, K. M. AU - Berriman, M. AU - Rajandream, M. A. AU - Barrell, B. G. AU - Parkhill, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - ACT: the Artemis Comparison Tool JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti553 DO - 10.1093/bioinformatics/bti553 ID - Carver2005 ER - TY - BOOK AU - Karam, J. D. AU - Drake, J. W. AU - Kreuzer, K. N. AU - Mosig, G. AU - Hall, D. H. AU - Eiserling, F. A. AU - Black, L. W. AU - Spicer, E. K. AU - Kutter, E. AU - Carlson, C. AU - Miller, E. S. PY - 1994 DA - 1994// TI - Molecular biology of bacteriophage T4 PB - ASM Press CY - Washington, D.C. ID - Karam1994 ER - TY - JOUR AU - Leiman, P. G. AU - Arisaka, F. AU - van Raaij, M. J. AU - Kostyuchenko, V. A. AU - Aksyuk, A. A. AU - Kanamaru, S. AU - Rossmann, M. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Morphogenesis of the T4 tail and tail fibers JO - Virol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-355 DO - 10.1186/1743-422X-7-355 ID - Leiman2010 ER - TY - BOOK AU - Mathews, C. K. AU - Kutter, E. AU - Mosig, G. AU - Berget, P. B. PY - 1983 DA - 1983// TI - Bacteriophage T4 PB - ASM Press CY - Washington, D.C. ID - Mathews1983 ER - TY - JOUR AU - Miller, E. S. AU - Heidelberg, J. F. AU - Eisen, J. A. AU - Nelson, W. C. AU - Durkin, A. S. AU - Ciecko, A. AU - Feldblyum, T. V. AU - White, O. AU - Paulsen, I. T. AU - Nierman, W. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Complete genome sequence of the broad-host-range vibriophage KVP40: comparative genomics of a T4-related bacteriophage JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.17.5220-5233.2003 DO - 10.1128/JB.185.17.5220-5233.2003 ID - Miller2003 ER - TY - JOUR AU - Petrov, V. M. AU - Ratnayaka, S. AU - Nolan, J. M. AU - Miller, E. S. AU - Karam, J. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomes of the T4-related bacteriophages as windows on microbial genome evolution JO - Virol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-292 DO - 10.1186/1743-422X-7-292 ID - Petrov2010 ER - TY - JOUR AU - Geiduschek, E. P. AU - Kassavetis, G. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcription of the T4 late genes JO - Virol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-288 DO - 10.1186/1743-422X-7-288 ID - Geiduschek2010 ER - TY - JOUR AU - Clokie, M. R. AU - Millard, A. D. AU - Mann, N. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - T4 genes in the marine ecosystem: studies of the T4-like cyanophages and their role in marine ecology JO - Virol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-291 DO - 10.1186/1743-422X-7-291 ID - Clokie2010 ER - TY - JOUR AU - Hoet, P. P. AU - Coene, M. M. AU - Cocito, C. G. PY - 1992 DA - 1992// TI - Replication cycle of Bacillus subtilis hydroxymethyluracil-containing phages JO - Annu Rev Microbiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.mi.46.100192.000523 DO - 10.1146/annurev.mi.46.100192.000523 ID - Hoet1992 ER - TY - JOUR AU - Stewart, C. R. AU - Casjens, S. R. AU - Cresawn, S. G. AU - Houtz, J. M. AU - Smith, A. L. AU - Ford, M. E. AU - Peebles, C. L. AU - Hatfull, G. F. AU - Hendrix, R. W. AU - Huang, W. M. AU - Pedulla, M. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - The genome of Bacillus subtilis bacteriophage SPO1 JO - J Mol Biol VL - 388 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2009.03.009 DO - 10.1016/j.jmb.2009.03.009 ID - Stewart2009 ER - TY - JOUR AU - Kropinski, A. M. AU - Bose, R. J. AU - Warren, R. A. PY - 1973 DA - 1973// TI - 5-(4-Aminobutylaminomethyl)uracil, an unusual pyrimidine from the deoxyribonucleic acid of bacteriophage phiW-14 JO - Biochemistry VL - 12 UR - https://doi.org/10.1021/bi00725a025 DO - 10.1021/bi00725a025 ID - Kropinski1973 ER - TY - JOUR AU - Maltman, K. L. AU - Neuhard, J. AU - Warren, R. A. PY - 1981 DA - 1981// TI - 5-[(Hydroxymethyl)-O-pyrophosphoryl]uracil, an intermediate in the biosynthesis of alpha-putrescinylthymine in deoxyribonucleic acid of bacteriophage phi W-14 JO - Biochemistry VL - 20 UR - https://doi.org/10.1021/bi00515a043 DO - 10.1021/bi00515a043 ID - Maltman1981 ER - TY - JOUR AU - Bateman, A. AU - Coin, L. AU - Durbin, R. AU - Finn, R. D. AU - Hollich, V. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Khanna, A. AU - Marshall, M. AU - Moxon, S. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh121 DO - 10.1093/nar/gkh121 ID - Bateman2004 ER - TY - JOUR AU - Walter, M. AU - Fiedler, C. AU - Grassl, R. AU - Biebl, M. AU - Rachel, R. AU - Hermo-Parrado, X. L. AU - Llamas-Saiz, A. L. AU - Seckler, R. AU - Miller, S. AU - van Raaij, M. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Structure of the receptor-binding protein of bacteriophage det7: a podoviral tail spike in a myovirus JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01641-07 DO - 10.1128/JVI.01641-07 ID - Walter2008 ER - TY - JOUR AU - Craigie, J. AU - Yen, C. H. PY - 1938 DA - 1938// TI - The demonstration of types of B. typhosus by means of preparations of Type II Vi phage: The stability and Epidemiological significance of V form types of B. typhosus JO - Canadian Public Health Journal VL - 29 ID - Craigie1938 ER - TY - JOUR AU - Desranleau, J. M. PY - 1949 DA - 1949// TI - Progress in the treatment of typhoid fever with Vi bacteriophages JO - Can J Public Health VL - 40 ID - Desranleau1949 ER - TY - JOUR AU - Werquin, M. AU - Ackermann, H. W. AU - Levesque, R. C. PY - 1988 DA - 1988// TI - A Study of 33 Bacteriophages of Rhizobium meliloti JO - Appl Environ Microbiol VL - 54 ID - Werquin1988 ER - TY - JOUR AU - Ackermann, H. W. AU - Brochu, G. AU - Emadi Konjin, H. P. PY - 1994 DA - 1994// TI - Classification of Acinetobacter phages JO - Arch Virol VL - 135 UR - https://doi.org/10.1007/BF01310019 DO - 10.1007/BF01310019 ID - Ackermann1994 ER - TY - JOUR AU - Lin, N. T. AU - Chiou, P. Y. AU - Chang, K. C. AU - Chen, L. K. AU - Lai, M. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Isolation and characterization of phi AB2: a novel bacteriophage of Acinetobacter baumannii JO - Res Microbiol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.resmic.2010.03.007 DO - 10.1016/j.resmic.2010.03.007 ID - Lin2010 ER - TY - JOUR AU - Sullivan, M. B. AU - Huang, K. H. AU - Ignacio-Espinoza, J. C. AU - Berlin, A. M. AU - Kelly, L. AU - Weigele, P. R. AU - DeFrancesco, A. S. AU - Kern, S. E. AU - Thompson, L. R. AU - Young, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomic analysis of oceanic cyanobacterial myoviruses compared with T4-like myoviruses from diverse hosts and environments JO - Environ Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2010.02280.x DO - 10.1111/j.1462-2920.2010.02280.x ID - Sullivan2010 ER - TY - JOUR AU - Chibani-Chennoufi, S. AU - Sidoti, J. AU - Bruttin, A. AU - Dillmann, M. L. AU - Kutter, E. AU - Qadri, F. AU - Sarker, S. A. AU - Brussow, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Isolation of Escherichia coli bacteriophages from the stool of pediatric diarrhea patients in Bangladesh JO - J Bacteriol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1128/JB.186.24.8287-8294.2004 DO - 10.1128/JB.186.24.8287-8294.2004 ID - Chibani-Chennoufi2004 ER - TY - JOUR AU - Kutter, E. AU - Gachechiladze, K. AU - Poglazov, A. AU - Marusich, E. AU - Shneider, M. AU - Aronsson, P. AU - Napuli, A. AU - Porter, D. AU - Mesyanzhinov, V. PY - 1995 DA - 1995// TI - Evolution of T4-related phages JO - Virus Genes VL - 11 UR - https://doi.org/10.1007/BF01728666 DO - 10.1007/BF01728666 ID - Kutter1995 ER - TY - JOUR AU - Nolan, J. M. AU - Petrov, V. AU - Bertrand, C. AU - Krisch, H. M. AU - Karam, J. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genetic diversity among five T4-like bacteriophages JO - Virol J VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-3-30 DO - 10.1186/1743-422X-3-30 ID - Nolan2006 ER - TY - JOUR AU - Petrov, V. M. AU - Nolan, J. M. AU - Bertrand, C. AU - Levy, D. AU - Desplats, C. AU - Krisch, H. M. AU - Karam, J. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Plasticity of the gene functions for DNA replication in the T4-like phages JO - J Mol Biol VL - 361 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.05.071 DO - 10.1016/j.jmb.2006.05.071 ID - Petrov2006 ER - TY - JOUR AU - Kropinski, A. M. AU - Warren, R. A. PY - 1970 DA - 1970// TI - Isolation and properties of a Pseudomonas acidovorans bacteriophage JO - J Gen Virol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-6-1-85 DO - 10.1099/0022-1317-6-1-85 ID - Kropinski1970 ER - TY - CHAP AU - Young, R. AU - Wang, I. -. N. ED - Calendar, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Phage Lysis BT - The Bacteriophages PB - Oxford University Press CY - USA ID - Young2006 ER - TY - JOUR AU - Morley, T. J. AU - Willis, L. M. AU - Whitfield, C. AU - Wakarchuk, W. W. AU - Withers, S. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - A New Sialidase Mechanism JO - Journal of Biological Chemistry VL - 284 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.003970 DO - 10.1074/jbc.M109.003970 ID - Morley2009 ER - TY - JOUR AU - Leiman, P. G. AU - Battisti, A. J. AU - Bowman, V. D. AU - Stummeyer, K. AU - Muhlenhoff, M. AU - Gerardy-Schahn, R. AU - Scholl, D. AU - Molineux, I. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - The structures of bacteriophages K1E and K1-5 explain processive degradation of polysaccharide capsules and evolution of new host specificities JO - J Mol Biol VL - 371 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.05.083 DO - 10.1016/j.jmb.2007.05.083 ID - Leiman2007 ER - TY - JOUR AU - Peleg, A. AU - Shifrin, Y. AU - Ilan, O. AU - Nadler-Yona, C. AU - Nov, S. AU - Koby, S. AU - Baruch, K. AU - Altuvia, S. AU - Elgrably-Weiss, M. AU - Abe, C. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of an Escherichia coli operon required for formation of the O-antigen capsule JO - J Bacteriol VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.15.5259-5266.2005 DO - 10.1128/JB.187.15.5259-5266.2005 ID - Peleg2005 ER - TY - JOUR AU - Shifrin, Y. AU - Peleg, A. AU - Ilan, O. AU - Nadler, C. AU - Kobi, S. AU - Baruch, K. AU - Yerushalmi, G. AU - Berdichevsky, T. AU - Altuvia, S. AU - Elgrably-Weiss, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transient shielding of intimin and the type III secretion system of enterohemorrhagic and enteropathogenic Escherichia coli by a group 4 capsule JO - J Bacteriol VL - 190 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00440-08 DO - 10.1128/JB.00440-08 ID - Shifrin2008 ER - TY - JOUR AU - Samuel, G. AU - Hogbin, J. P. AU - Wang, L. AU - Reeves, P. R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Relationships of the Escherichia coli O157, O111, and O55 O-antigen gene clusters with those of Salmonella enterica and Citrobacter freundii, which express identical O antigens JO - J Bacteriol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1128/JB.186.19.6536-6543.2004 DO - 10.1128/JB.186.19.6536-6543.2004 ID - Samuel2004 ER - TY - JOUR AU - Hinton, D. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptional control in the prereplicative phase of T4 development JO - Virol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1743-422X-7-289 DO - 10.1186/1743-422X-7-289 ID - Hinton2010 ER - TY - JOUR AU - Liebig, H. D. AU - Ruger, W. PY - 1989 DA - 1989// TI - Bacteriophage T4 early promoter regions. Consensus sequences of promoters and ribosome-binding sites JO - J Mol Biol VL - 208 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(89)90145-9 DO - 10.1016/0022-2836(89)90145-9 ID - Liebig1989 ER - TY - JOUR AU - Kashlev, M. AU - Nudler, E. AU - Goldfarb, A. AU - White, T. AU - Kutter, E. PY - 1993 DA - 1993// TI - Bacteriophage T4 Alc protein: a transcription termination factor sensing local modification of DNA JO - Cell VL - 75 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(05)80091-1 DO - 10.1016/S0092-8674(05)80091-1 ID - Kashlev1993 ER - TY - JOUR AU - Kutter, E. M. AU - Bradley, D. AU - Schenck, R. AU - Guttman, B. S. AU - Laiken, R. PY - 1981 DA - 1981// TI - Bacteriophage T4 alc gene product: general inhibitor of transcription from cytosine-containing DNA JO - J Virol VL - 40 ID - Kutter1981 ER - TY - JOUR AU - Paddison, P. AU - Abedon, S. T. AU - Dressman, H. K. AU - Gailbreath, K. AU - Tracy, J. AU - Mosser, E. AU - Neitzel, J. AU - Guttman, B. AU - Kutter, E. PY - 1998 DA - 1998// TI - The roles of the bacteriophage T4 r genes in lysis inhibition and fine-structure genetics: a new perspective JO - Genetics VL - 148 ID - Paddison1998 ER - TY - JOUR AU - Ramanculov, E. AU - Young, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - An ancient player unmasked: T4 rI encodes a t-specific antiholin JO - Mol Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02491.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2001.02491.x ID - Ramanculov2001 ER - TY - JOUR AU - Tran, T. A. AU - Struck, D. K. AU - Young, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - The T4 RI antiholin has an N-terminal signal anchor release domain that targets it for degradation by DegP JO - J Bacteriol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00854-07 DO - 10.1128/JB.00854-07 ID - Tran2007 ER - TY - CHAP AU - Kutter, E. ED - Clokie, M. R. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phage Host Range and Efficiency of Plating BT - Bacteriophages PB - Humana Press CY - Kropinski AM UR - https://doi.org/10.1007/978-1-60327-164-6_14 DO - 10.1007/978-1-60327-164-6_14 ID - Kutter2009 ER - TY - JOUR AU - Ochman, H. AU - Selander, R. K. PY - 1984 DA - 1984// TI - Standard reference strains of Escherichia coli from natural populations JO - J Bacteriol VL - 157 ID - Ochman1984 ER - TY - CHAP AU - Carlson, K. ED - Kutter, E. ED - Sulakvelidse, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Appendix: working with bacteriophages: common techniques and methodological approaches BT - Bacteriophages: biology and applications PB - CRC Press CY - Washington, D.C. ID - Carlson2005 ER - TY - JOUR AU - Rutherford, K. AU - Parkhill, J. AU - Crook, J. AU - Horsnell, T. AU - Rice, P. AU - Rajandream, M. A. AU - Barrell, B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Artemis: sequence visualization and annotation JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.10.944 DO - 10.1093/bioinformatics/16.10.944 ID - Rutherford2000 ER - TY - JOUR AU - Koski, L. B. AU - Gray, M. W. AU - Lang, B. F. AU - Burger, G. PY - 2005 DA - 2005// TI - AutoFACT: an automatic functional annotation and classification tool JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-151 DO - 10.1186/1471-2105-6-151 ID - Koski2005 ER - TY - JOUR AU - Carver, T. AU - Berriman, M. AU - Tivey, A. AU - Patel, C. AU - Bohme, U. AU - Barrell, B. G. AU - Parkhill, J. AU - Rajandream, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Artemis and ACT: viewing, annotating and comparing sequences stored in a relational database JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn529 DO - 10.1093/bioinformatics/btn529 ID - Carver2008 ER - TY - CHAP AU - Coggill, P. AU - Finn, R. D. AU - Bateman, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identifying Protein Domains with the Pfam Database BT - Current Protocols in Bioinformatics PB - Sons Inc. CY - USA ID - Coggill2002 ER - TY - JOUR AU - Shine, J. AU - Dalgarno, L. PY - 1975 DA - 1975// TI - Determinant of cistron specificity in bacterial ribosomes JO - Nature VL - 254 UR - https://doi.org/10.1038/254034a0 DO - 10.1038/254034a0 ID - Shine1975 ER - TY - JOUR AU - Kropinski, A. M. AU - Borodovsky, M. AU - Carver, T. J. AU - Cerdeno-Tarraga, A. M. AU - Darling, A. AU - Lomsadze, A. AU - Mahadevan, P. AU - Stothard, P. AU - Seto, D. AU - Van Domselaar, G. AU - Wishart, D. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - In silico identification of genes in bacteriophage DNA JO - Methods Mol Biol VL - 502 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-60327-565-1_6 DO - 10.1007/978-1-60327-565-1_6 ID - Kropinski2009 ER - TY - JOUR AU - Zafar, N. AU - Mazumder, R. AU - Seto, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - CoreGenes: a computational tool for identifying and cataloging "core" genes in a set of small genomes JO - BMC Bioinformatics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-3-12 DO - 10.1186/1471-2105-3-12 ID - Zafar2002 ER - TY - JOUR AU - Krogh, A. AU - Larsson, B. AU - von Heijne, G. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes JO - J Mol Biol VL - 305 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.4315 DO - 10.1006/jmbi.2000.4315 ID - Krogh2001 ER - TY - JOUR AU - Laslett, D. AU - Canback, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh152 DO - 10.1093/nar/gkh152 ID - Laslett2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Pearson, W. R. AU - Lipman, D. J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Improved tools for biological sequence comparison JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 85 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.85.8.2444 DO - 10.1073/pnas.85.8.2444 ID - Pearson1988 ER -