TY - JOUR AU - Henle, G. AU - Henle, W. AU - Clifford, P. AU - Diehl, V. AU - Kafuko, G. W. AU - Kirya, B. G. AU - Klein, G. AU - Morrow, R. H. AU - Munube, G. M. AU - Pike, P. PY - 1969 DA - 1969// TI - Antibodies to Epstein-Barr virus in Burkitt's lymphoma and control groups JO - J Natl Cancer Inst VL - 43 ID - Henle1969 ER - TY - JOUR AU - Verma, S. C. AU - Robertson, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Molecular biology and pathogenesis of Kaposi sarcoma-associated herpesvirus JO - FEMS Microbiol Lett VL - 222 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1097(03)00261-1 DO - 10.1016/S0378-1097(03)00261-1 ID - Verma2003 ER - TY - JOUR AU - Thorley-Lawson, D. A. AU - Gross, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Persistence of the Epstein-Barr virus and the origins of associated lymphomas JO - N Engl J Med VL - 350 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra032015 DO - 10.1056/NEJMra032015 ID - Thorley-Lawson2004 ER - TY - JOUR AU - Davison, A. J. AU - Eberle, R. AU - Ehlers, B. AU - Hayward, G. S. AU - McGeoch, D. J. AU - Minson, A. C. AU - Pellett, P. E. AU - Roizman, B. AU - Studdert, M. J. AU - Thiry, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - The order Herpesvirales JO - Arch Virol VL - 154 UR - https://doi.org/10.1007/s00705-008-0278-4 DO - 10.1007/s00705-008-0278-4 ID - Davison2009 ER - TY - JOUR AU - Thiry, E. AU - Bublot, M. AU - Dubuisson, J. AU - Van Bressem, M. F. AU - Lequarre, A. S. AU - Lomonte, P. AU - Vanderplasschen, A. AU - Pastoret, P. P. PY - 1992 DA - 1992// TI - Molecular biology of bovine herpesvirus type 4 JO - Vet Microbiol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1135(92)90037-T DO - 10.1016/0378-1135(92)90037-T ID - Thiry1992 ER - TY - JOUR AU - Bartha, A. AU - Juhasz, M. AU - Liebermann, H. PY - 1966 DA - 1966// TI - Isolation of a bovine herpesvirus from calves with respiratory disease and keratoconjunctivitis. A preliminary report JO - Acta Vet Acad Sci Hung VL - 16 ID - Bartha1966 ER - TY - JOUR AU - Mohanty, S. B. AU - Hammond, R. C. AU - Lillie, M. G. PY - 1971 DA - 1971// TI - A new bovine herpesvirus and its effect on experimentally infected calves. Brief report JO - Arch Gesamte Virusforsch VL - 33 UR - https://doi.org/10.1007/BF01254696 DO - 10.1007/BF01254696 ID - Mohanty1971 ER - TY - JOUR AU - Rossiter, P. B. AU - Gumm, I. D. AU - Stagg, D. A. AU - Conrad, P. A. AU - Mukolwe, S. AU - Davies, F. G. AU - White, H. PY - 1989 DA - 1989// TI - Isolation of bovine herpesvirus-3 from African buffaloes (Syncerus caffer) JO - Res Vet Sci VL - 46 ID - Rossiter1989 ER - TY - JOUR AU - Dewals, B. AU - Thirion, M. AU - Markine-Goriaynoff, N. AU - Gillet, L. AU - de Fays, K. AU - Minner, F. AU - Daix, V. AU - Sharp, P. M. AU - Vanderplasschen, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evolution of Bovine herpesvirus 4: recombination and transmission between African buffalo and cattle JO - J Gen Virol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.81757-0 DO - 10.1099/vir.0.81757-0 ID - Dewals2006 ER - TY - JOUR AU - Dewals, B. AU - Gillet, L. AU - Gerdes, T. AU - Taracha, E. L. AU - Thiry, E. AU - Vanderplasschen, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Antibodies against bovine herpesvirus 4 are highly prevalent in wild African buffaloes throughout eastern and southern Africa JO - Vet Microbiol VL - 110 UR - https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2005.08.006 DO - 10.1016/j.vetmic.2005.08.006 ID - Dewals2005 ER - TY - JOUR AU - Zimmermann, W. AU - Broll, H. AU - Ehlers, B. AU - Buhk, H. J. AU - Rosenthal, A. AU - Goltz, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genome sequence of bovine herpesvirus 4, a bovine Rhadinovirus, and identification of an origin of DNA replication JO - J Virol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.75.3.1186-1194.2001 DO - 10.1128/JVI.75.3.1186-1194.2001 ID - Zimmermann2001 ER - TY - JOUR AU - Gillet, L. AU - Daix, V. AU - Donofrio, G. AU - Wagner, M. AU - Koszinowski, U. H. AU - China, B. AU - Ackermann, M. AU - Markine-Goriaynoff, N. AU - Vanderplasschen, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Development of bovine herpesvirus 4 as an expression vector using bacterial artificial chromosome cloning JO - J Gen Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.80718-0 DO - 10.1099/vir.0.80718-0 ID - Gillet2005 ER - TY - JOUR AU - Thiry, E. AU - Pastoret, P. P. AU - Dessy-Doizé, C. AU - Hanzen, C. AU - Calberg-Bacq, C. M. PY - 1981 DA - 1981// TI - Herpesvirus in infertile bull's testicle JO - Vet rec VL - 108 UR - https://doi.org/10.1136/vr.108.19.426 DO - 10.1136/vr.108.19.426 ID - Thiry1981 ER - TY - JOUR AU - Bublot, M. AU - Van Bressem, M. F. AU - Thiry, E. AU - Dubuisson, J. AU - Pastoret, P. P. PY - 1990 DA - 1990// TI - Bovine herpesvirus 4 genome: cloning, mapping and strain variation analysis JO - J Gen Virol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-71-1-133 DO - 10.1099/0022-1317-71-1-133 ID - Bublot1990 ER - TY - JOUR AU - Broll, H. AU - Buhk, H. J. AU - Zimmermann, W. AU - Goltz, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Structure and function of the prDNA and the genomic termini of the gamma2-herpesvirus bovine herpesvirus type 4 JO - J Gen Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-80-4-979 DO - 10.1099/0022-1317-80-4-979 ID - Broll1999 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Lomonte, P. AU - Bublot, M. AU - van Santen, V. AU - Keil, G. M. AU - Pastoret, P. P. AU - Thiry, E. PY - 1995 DA - 1995// TI - Analysis of bovine herpesvirus 4 genomic regions located outside the conserved gammaherpesvirus gene blocks JO - J Gen Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-76-7-1835 DO - 10.1099/0022-1317-76-7-1835 ID - Lomonte1995 ER - TY - JOUR AU - Chevreux, B. AU - Pfisterer, T. AU - Drescher, B. AU - Driesel, A. J. AU - Muller, W. E. AU - Wetter, T. AU - Suhai, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Using the miraEST assembler for reliable and automated mRNA transcript assembly and SNP detection in sequenced ESTs JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1917404 DO - 10.1101/gr.1917404 ID - Chevreux2004 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.186 DO - 10.1101/gr.8.3.186 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Chou, H. H. AU - Holmes, M. H. PY - 2001 DA - 2001// TI - DNA sequence quality trimming and vector removal JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1093 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1093 ID - Chou2001 ER - TY - JOUR AU - Staden, R. AU - Beal, K. F. AU - Bonfield, J. K. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Staden package, 1998 JO - Methods Mol Biol VL - 132 ID - Staden2000 ER - TY - JOUR AU - Marchler-Bauer, A. AU - Anderson, J. B. AU - Chitsaz, F. AU - Derbyshire, M. K. AU - DeWeese-Scott, C. AU - Fong, J. H. AU - Geer, L. Y. AU - Geer, R. C. AU - Gonzales, N. R. AU - Gwadz, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - CDD: specific functional annotation with the Conserved Domain Database JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn845 DO - 10.1093/nar/gkn845 ID - Marchler-Bauer2009 ER - TY - JOUR AU - Schaffer, A. A. AU - Wolf, Y. I. AU - Ponting, C. P. AU - Koonin, E. V. AU - Aravind, L. AU - Altschul, S. F. PY - 1999 DA - 1999// TI - IMPALA: matching a protein sequence against a collection of PSI-BLAST-constructed position-specific score matrices JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.12.1000 DO - 10.1093/bioinformatics/15.12.1000 ID - Schaffer1999 ER - TY - JOUR AU - Larkin, M. A. AU - Blackshields, G. AU - Brown, N. P. AU - Chenna, R. AU - McGettigan, P. A. AU - McWilliam, H. AU - Valentin, F. AU - Wallace, I. M. AU - Wilm, A. AU - Lopez, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Clustal W and Clustal × version 2.0 JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm404 DO - 10.1093/bioinformatics/btm404 ID - Larkin2007 ER - TY - BOOK AU - Team, R. D. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna ID - Team2010 ER - TY - BOOK AU - Charif, D. AU - Lobry, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - SeqinR 1.0-2: a contributed package to the R project for statistical computing devoted to biological sequences retrieval and analysis PB - Springer Verlag CY - New York ID - Charif2007 ER - TY - JOUR AU - Cock, P. J. AU - Antao, T. AU - Chang, J. T. AU - Chapman, B. A. AU - Cox, C. J. AU - Dalke, A. AU - Friedberg, I. AU - Hamelryck, T. AU - Kauff, F. AU - Wilczynski, B. AU - de Hoon, M. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 DO - 10.1093/bioinformatics/btp163 ID - Cock2009 ER - TY - BOOK AU - van Rossum, G. AU - Drake, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Python Language Reference Manual (version 2.5) PB - Network Theory Ltd CY - Network ID - van Rossum2006 ER - TY - CHAP AU - Machiels, B. AU - Lete, C. AU - de Fays, K. AU - Mast, J. AU - Dewals, B. AU - Stevenson, P. G. AU - Vanderplasschen, A. AU - Gillet, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bovine Herpesvirus-4 Bo10 gene encodes a non-essential viral envelope protein that regulates viral tropism through both positive and negative effects BT - J Virol ID - Machiels2010 ER - TY - JOUR AU - Spatz, S. J. AU - Rue, C. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Sequence determination of a mildly virulent strain (CU-2) of Gallid herpesvirus type 2 using 454 pyrosequencing JO - Virus Genes VL - 36 UR - https://doi.org/10.1007/s11262-008-0213-5 DO - 10.1007/s11262-008-0213-5 ID - Spatz2008 ER - TY - JOUR AU - Elsik, C. G. AU - Tellam, R. L. AU - Worley, K. C. AU - Gibbs, R. A. AU - Muzny, D. M. AU - Weinstock, G. M. AU - Adelson, D. L. AU - Eichler, E. E. AU - Elnitski, L. AU - Guigo, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1169588 DO - 10.1126/science.1169588 ID - Elsik2009 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Schlagenhauf, E. AU - Graner, A. AU - Close, T. J. AU - Keller, B. AU - Stein, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - 454 sequencing put to the test using the complex genome of barley JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-275 DO - 10.1186/1471-2164-7-275 ID - Wicker2006 ER - TY - JOUR AU - Walz, N. AU - Christalla, T. AU - Tessmer, U. AU - Grundhoff, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A global analysis of evolutionary conservation among known and predicted gammaherpesvirus microRNAs JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01302-09 DO - 10.1128/JVI.01302-09 ID - Walz2010 ER - TY - JOUR AU - Fu, M. AU - Deng, R. AU - Wang, J. AU - Wang, X. PY - 2008 DA - 2008// TI - Detection and analysis of horizontal gene transfer in herpesvirus JO - Virus Res VL - 131 UR - https://doi.org/10.1016/j.virusres.2007.08.009 DO - 10.1016/j.virusres.2007.08.009 ID - Fu2008 ER - TY - JOUR AU - Vanderplasschen, A. AU - Markine-Goriaynoff, N. AU - Lomonte, P. AU - Suzuki, M. AU - Hiraoka, N. AU - Yeh, J. C. AU - Bureau, F. AU - Willems, L. AU - Thiry, E. AU - Fukuda, M. AU - Pastoret, P. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - A multipotential beta -1,6-N-acetylglucosaminyl-transferase is encoded by bovine herpesvirus type 4 JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.100058897 DO - 10.1073/pnas.100058897 ID - Vanderplasschen2000 ER - TY - JOUR AU - Portes-Sentis, S. AU - Sergeant, A. AU - Gruffat, H. PY - 1997 DA - 1997// TI - A particular DNA structure is required for the function of a cis-acting component of the Epstein-Barr virus OriLyt origin of replication JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.7.1347 DO - 10.1093/nar/25.7.1347 ID - Portes-Sentis1997 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Y. AU - Huang, L. AU - Anders, D. G. PY - 1998 DA - 1998// TI - Human cytomegalovirus oriLyt sequence requirements JO - J Virol VL - 72 ID - Zhu1998 ER - TY - JOUR AU - AuCoin, D. P. AU - Colletti, K. S. AU - Xu, Y. AU - Cei, S. A. AU - Pari, G. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (human herpesvirus 8) contains two functional lytic origins of DNA replication JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.15.7890-7896.2002 DO - 10.1128/JVI.76.15.7890-7896.2002 ID - AuCoin2002 ER - TY - JOUR AU - Rennekamp, A. J. AU - Wang, P. AU - Lieberman, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evidence for DNA hairpin recognition by Zta at the Epstein-Barr virus origin of lytic replication JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02666-09 DO - 10.1128/JVI.02666-09 ID - Rennekamp2010 ER - TY - JOUR AU - Aslani, A. AU - Macao, B. AU - Simonsson, S. AU - Elias, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complementary intrastrand base pairing during initiation of Herpes simplex virus type 1 DNA replication JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.121177198 DO - 10.1073/pnas.121177198 ID - Aslani2001 ER - TY - JOUR AU - Russo, J. J. AU - Bohenzky, R. A. AU - Chien, M. C. AU - Chen, J. AU - Yan, M. AU - Maddalena, D. AU - Parry, J. P. AU - Peruzzi, D. AU - Edelman, I. S. AU - Chang, Y. AU - Moore, P. S. PY - 1996 DA - 1996// TI - Nucleotide sequence of the Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (HHV8) JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.25.14862 DO - 10.1073/pnas.93.25.14862 ID - Russo1996 ER - TY - JOUR AU - Searles, R. P. AU - Bergquam, E. P. AU - Axthelm, M. K. AU - Wong, S. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Sequence and genomic analysis of a Rhesus macaque rhadinovirus with similarity to Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus/human herpesvirus 8 JO - J Virol VL - 73 ID - Searles1999 ER - TY - JOUR AU - Stamminger, T. AU - Honess, R. W. AU - Young, D. F. AU - Bodemer, W. AU - Blair, E. D. AU - Fleckenstein, B. PY - 1987 DA - 1987// TI - Organization of terminal reiterations in the virion DNA of herpesvirus saimiri JO - J Gen Virol VL - 68 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-68-4-1049 DO - 10.1099/0022-1317-68-4-1049 ID - Stamminger1987 ER - TY - JOUR AU - Lagunoff, M. AU - Ganem, D. PY - 1997 DA - 1997// TI - The structure and coding organization of the genomic termini of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus JO - Virology VL - 236 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1997.8713 DO - 10.1006/viro.1997.8713 ID - Lagunoff1997 ER - TY - JOUR AU - Albrecht, J. C. AU - Nicholas, J. AU - Biller, D. AU - Cameron, K. R. AU - Biesinger, B. AU - Newman, C. AU - Wittmann, S. AU - Craxton, M. A. AU - Coleman, H. AU - Fleckenstein, B. PY - 1992 DA - 1992// TI - Primary structure of the herpesvirus saimiri genome JO - J Virol VL - 66 ID - Albrecht1992 ER - TY - JOUR AU - Tong, L. AU - Stow, N. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis of herpes simplex virus type 1 DNA packaging signal mutations in the context of the viral genome JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01489-09 DO - 10.1128/JVI.01489-09 ID - Tong2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. B. AU - McVoy, M. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - A 128-Base-Pair Sequence Containing the pac1 and a Presumed Cryptic pac2 Sequence Includes cis Elements Sufficient To Mediate Efficient Genome Maturation of Human Cytomegalovirus JO - J Virol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02307-10 DO - 10.1128/JVI.02307-10 ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - McVoy, M. A. AU - Nixon, D. E. AU - Hur, J. K. AU - Adler, S. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - The ends on herpesvirus DNA replicative concatemers contain pac2 cis cleavage/packaging elements and their formation is controlled by terminal cis sequences JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.3.1587-1592.2000 DO - 10.1128/JVI.74.3.1587-1592.2000 ID - McVoy2000 ER -