Skip to main content

Table 4 Overview of strains used for phylogenetic analysis

From: Characterization of a circulating PRRSV strain by means of random PCR cloning and full genome sequencing

Strain Genotype Genbank Accession ORF5 Genbank Accession ORF1a (nsp2)
VR-2332 2 U87392 U87392
Lelystad 1 (subtype 1) M96262 M96262
EuroPRRS 1 AY366525 AY366525
01-CB1 1 (subtype 1) DQ864705 DQ864705
Amervac 1 (subtype 1) GU067771 GU067771
HKEU16 1 (subtype 1) EU076704 EU076704
KNU-07 1 (subtype 1) FJ349261 FJ349261
SHE 1 (subtype 1) GQ461593 GQ461593
SD01-08 1 (subtype 1) DQ489311 DQ489311
BJEU06-1 1 (subtype 1) GU047344 GU047344
NMEU09-1 1 (subtype 1) GU047345 GU047345
07V063 1 (subtype 1) GU737264 GU737264
PyrsVac 1 (subtype 1) DQ324681 ND
Porcilis 1 (subtype 1) AAW78901 ND
Olot/91 1 (subtype 1) X92942 ND
Yuz-34 1 (subtype 3) DQ324692 ND
Bel-42 1 (subtype 3) DQ324669 ND
Obu-1 1 (subtype 3) DQ324671 ND
Soz-6 1 (subtype 3) DQ324686 ND
Dzi-62 1 (subtype 1) DQ324675 ND
Cresa11 1 (subtype 1) DQ009626 ND
IV3140 1 (subtype 1) DQ355821 ND
28639/98 1 (subtype 1) AY035912 ND
361-4 1 (subtype 1) AY035915 ND
Sno-4 2 (subtype 2) DQ324683 ND
Sid 2 (subtype 2) DQ324682 ND
Aus 2 (subtype 2) DQ324667 ND
Okt-35 1 DQ324677 ND
16/2000 1 DQ345743 ND
SD02-11 1 (subtype 1) AY395078 AY383634
SD01-07 1 (subtype 1) AY395079 AY383632
SD03-12 1 (subtype 1) AY395074 AY383635
SD03-15 1 (subtype 1) AY395076 AY383636
It-22 1 (subtype 1) AY739978 ND
It-39 1 (subtype 1) AY739995 ND
It-44 1 (subtype 1) AY740000 ND
It-35 1 (subtype 1) AY739991 ND
It-13 1 (subtype 1) AY739969 ND
Lena 1 (subtype 3) EU909691 ND
  1. The type of the strains is according to Stadejek et al (2008). ND = no data. VR-2332 is genotype 2. Eleven genotype 1 isolates for which full length sequences were obtained are listed first.