Skip to main content

Table 1 Summary of primers used

From: Phylogenetic analyses of the polyprotein coding sequences of serotype O foot-and-mouth disease viruses in East Africa: evidence for interserotypic recombination

Primer ID

Primers

Fragment/Primer combination

8-A PN 2

GTCNCCTATTCAGGCNTAGAAG

Fragment 1: 8-A PN-35 & 8-A PN-2

8-A PN 3

GGCTAAGGATGCCCTTCA

 

8-A PN 4

AACCAGTCNTTCTTNTGNGTG

Fragment 2: 8-A PN 3 & 8-A PN-4

8-A PN 6

CCNGTNNACATGAANTGCAGGTT

 

8-A PN 14

ATCTCNAACTCAAACACTCTG

Fragment 3: 8-A PN 34 & 8-A PN-83

8-A PN 22

AAGGACCCNGTCCTTGTGGC

 

8-A PN 23

CCGTCNAAGTGGTCAGGGTC

Fragment 4: 8-A PN 51 & 8-A PN-6

8-A PN 34

ATGGACACNCAGCTTGGTGAC

 

8-A PN 35

GAGAAANGGGACGTCNGCGC

Fragment 5: 8-A PN 84 & 8-A PN-85

8-A PN 45

GGAAGAAACTCGAGGCGAC

 

8-A PN 46

TGGTCGTTTGCCTCCGTGG

Fragment 6: 8-A PN 98 & 8-A PN-64

8-A PN 51

CCACAGATCAAGGTGTATGC

 

8-A PN 64

GGTTGGACTCCACATCTCC

Fragment 7: 8-A PN 86 & 8-A PN-45

8-A PN 68

GGGTCCTTCAGCTGGTGG

 

8-A PN 80

GGAGTGTTTGGCACTGCC

Fragment 8: 8-A PN 22 & 8-A PN-23

8-A PN 83

CTTTGGAAGGGAACTCACC

 

8-A PN 84

TACTACACCCAGTACAGCG

Fragment 9: 8-A PN 46 & 8-A PN-87

8-A PN 85

TGCAGCTTCGGGTGCTCC

 

8-A PN 86

GGCCATCCACCCGAGTG

Fragment 10: 8-A PN 99 & 8-A PN-68

8-A PN 87

CTCAAAGAATTCAATTGCTGC

 

8-A PN 98

GCATCCACTTACTACTTTGC

Fragment 11: 8-A PN 113 & 8-A PN-14

8-A PN 99

TGTACCANCTTGTTNANGAGGTG

 

8-A PN 101

CAGGGTTGAACACACCGAG

Fragment 12: 8-A PN 80 & 8-A PN-101

8-A PN 113

CGCGANACTCGCAAGAGAC

Â