Table 2 LNA sequences
LNA (Name) | LNA (Sequence)$ | Target DPOL sequence | Tm of DNA-oligomer (°C)# | Tm of LNA-oligomer (°C)# | ΔTm (°C) |
|---|---|---|---|---|---|
LNA-PtroLCV1 | 5'- +a+tg+a+cg+cg+t+ag+c+c+g --NH2 | PtroLCV-1 | 55 | 82 | 27 |
LNA-GgorLCV1 | 5'- +at+a+acgcgt+a+gcc+g+accc --NH2 | GgorLCV-1 | 51 | 77 | 26 |
LNA-EBV | 5'- g+atg+act+cgaag+ctgg+ccct --NH2 | EBV | 63 | 72 | 9 |
LNA-MfasLCV1 | 5'- g+tggcc+a+acggcc+tc --NH2 | MfasLCV-1 and Cgue LCV-1 | 60 | 69 | 9 |
LNA-PhamLCV2 | 5'- asg+ac+acgc+a+accgg --NH2 | PhamLCV-2 | 59 | 67 | 8 |
LNA-CalHV3 | 5'- ac+tcgcag+ta+tacca+tccg --NH2 | CalHV-3 | 54 | 69 | 14 |
LNA-PtroRHV1 | 5'- +a+acc+t+tg+a+a+tc+tggcg+tc -- NH2 | PtroRHV-1 | 56 | 72 | 15 |