Genetic and biological characterisation of an avian-like H1N2 swine influenza virus generated by reassortment of circulating avian-like H1N1 and H3N2 subtypes in Denmark

Trebbien, Ramona; Bragstad, Karoline; Larsen, Lars Erik; Nielsen, Jens; Bøtner, Anette; Heegaard, Peter MH; Fomsgaard, Anders; Viuff, Birgitte; Hjulsager, Charlotte Kristiane

doi:10.1186/1743-422X-10-290

Virology Journal

Table 2 Percent identity at the nucleotide level for Danish SIV viruses and reference viruses

From: Genetic and biological characterisation of an avian-like H1N2 swine influenza virus generated by reassortment of circulating avian-like H1N1 and H3N2 subtypes in Denmark

Virus		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23
A/swine/Denmark/13608/2004(H1N2)	1		98	98	95	95	95	96	97	74	96	74	74	74	93	94	95	94	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/13411/2004(H1N2)	2	98		100	95	95	95	97	98	73	96	74	73	74	93	94	94	94	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/13380/2004(H1N2)	3	98	100		95	95	95	97	98	73	96	74	73	74	93	94	95	94	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/12687/2003(H1N2)	4	92	92	92		96	96	93	94	73	93	74	73	74	94	94	95	95	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/10044/2004(H1N2)	5	98	99	99	92		100	93	93	74	93	74	73	74	94	95	95	95	74	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/10074/2004(H1N2)	6	98	99	99	92	100		93	93	74	93	74	73	74	94	95	95	95	74	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Sweden/9706/2010(H1N2)_HM626482	7	96	98	98	90	96	96		98	73	94	73	72	74	91	92	93	92	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Sweden/1021/2009(H1N2)_GQ495132	8	97	98	98	90	97	97	98		73	95	74	73	74	92	93	93	93	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Italy/116114/2010(H1N2)_CY067662	9	95	96	96	90	97	97	94	94		73	77	76	95	74	73	73	74	99	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Italy/58769/2010(H1N2)_HM771276	10	96	97	97	91	97	97	95	96	94		74	74	74	91	92	93	93	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Scotland/410440/1994(H1N2)_AF085413	11	88	89	89	88	88	88	88	88	87	87		92	78	74	73	74	73	77	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Doetlingen/IDT4735/2005(H1N2)_EU053133	12	90	90	90	90	90	90	89	89	88	89	87		77	73	73	73	73	76	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Indiana/9 K035/1999(H1N2)_AF250124	13	86	87	87	86	87	87	86	86	85	86	89	86		75	74	74	74	95	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/19126/1993(H1N1)	14	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		93	94	93	74	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/12245/2004(H1N1)	15	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		94	95	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/14743-1/2003(H1N1)	16	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		95	73	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/12813-1/2004(H1N1)	17	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		74	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Alberta/OTH-33-8/2009(H1N1pdm)_GQ150328	18	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/13991/2003(H3N2)	19	98	98	98	92	99	99	96	97	96	96	89	90	87	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.		n.a.	n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/10210/2005(H3N2)	20	98	98	98	91	99	99	96	97	96	96	88	90	86	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	99		n.a.	n.a.	n.a.
A/swine/Denmark/14348 ns9/2003(H3N2)	21	98	99	99	92	99	99	96	97	96	97	89	90	87	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	99	99		n.a.	n.a.
A/swine/Spain/39139/2002(H3N2)_CY009382	22	90	91	91	91	90	90	89	89	88	89	87	94	85	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	90	90	90		n.a.
A/swine/Hong Kong/5212/1999(H3N2)_AY363557	23	93	94	94	95	93	93	92	92	91	92	89	92	87	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	n.a.	93	93	94	92

Percent identity at the nucleotide level for Danish SIV viruses and reference SIV viruses calculated for the HA and NA gene. Lower part of the table is between N2 sequences and upper part of the table is between H1 sequences, n.a.; not applicable.

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ISSN: 1743-422X

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