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Table 4 MHC class II binding peptides on the basis of antigenicity

From: Structural analysis and epitope prediction of HCV E1 protein isolated in Pakistan: an in-silico approach

Starting position

Peptide

Allele

Antigenic score

12

LTNDCPNSS

DRB1_0305-309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_1107

0.4554

19

WTPVTPTVA

DRB1_0101, DRB1_408

0.7528

28

VRYVGATTASV

DRB1_0101, DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0423, DRB1_0813, DRB1_1107

0.5239

30

YVGATTASV

DRB1_0101, DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1321, DRB1_1323

1.0175

28

VRYVGATTA

DRB1-0102, DRB1-0306-0308, DRB1_0311, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1311, DRB1_1501, DRB1_1506, DRB5_0101, DRB5_0105

0.4463

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Virology Journal

ISSN: 1743-422X