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Table 1 Codon usage of HCoV-NL63 compared with that of human genes

From: Genome structure and transcriptional regulation of human coronavirus NL63

Amino acid

Codon

Humana

HCoV-NL63

1ab (20190)

S (4071nt)

ORF3 (678nt)

E (234nt)

M (681nt)

N (1134nt)

Arg

CGA

0.62b

0.16

0.12

0.22

0.44

1.28

0.00

0.26

 

CGC

1.07

0.28

0.21

0.37

0.00

0.00

0.88

1.06

 

CGG

1.16 c

0.06

0.04

0.15

0.00

0.00

0.00

0.00

 

CGU

0.46

1.57

1.49

1.40

1.77

0.00

2.20

3.44

 

AGA

1.17

0.78

0.76

0.74

0.88

0.00

1.32

1.06

 

AGG

1.17

0.47

0.49

0.22

0.00

1.28

0.00

1.32

Leu

CUA

0.70

0.39

0.31

0.29

2.65

1.28

0.88

0.26

 

CUC

1.97

0.36

0.24

0.74

0.88

2.56

0.44

0.26

 

CUG

4.01

0.21

0.18

0.37

0.44

1.28

0.00

0.00

 

CUU

1.30

2.97

2.84

2.87

4.42

3.85

5.73

2.91

 

UUA

0.74

2.68

2.75

2.51

2.65

3.85

4.41

0.79

 

UUG

1.28

2.95

2.97

3.02

3.54

2.56

2.20

2.38

Ser

UCA

1.20

1.49

1.38

1.92

1.33

0.00

0.44

2.91

 

UCC

1.76

0.33

0.30

0.59

0.00

1.28

0.00

0.26

 

UCG

0.45

0.08

0.07

0.00

0.44

0.00

0.00

0.26

 

UCU

1.49

3.06

2.76

3.98

2.21

0.00

3.52

5.82

 

AGC

1.94

0.34

0.27

0.59

0.00

0.00

0.88

0.79

 

AGU

1.21

2.47

2.51

2.36

2.21

1.28

3.08

2.12

Thr

ACA

1.49

1.72

1.89

1.33

0.88

1.28

2.64

0.26

 

ACC

1.91

0.44

0.40

0.52

0.00

1.28

0.44

1.06

 

ACG

0.62

0.19

0.13

0.37

0.44

0.00

0.88

0.00

 

ACU

1.30

3.58

3.28

5.53

4.87

1.28

1.76

2.65

Pro

CCA

1.68

1.03

1.01

1.11

0.44

2.56

0.44

1.59

 

CCC

2.00

0.18

0.15

0.22

0.00

0.00

0.00

0.79

 

CCG

0.70

0.10

0.07

0.22

0.00

0.00

0.44

0.00

 

CCU

1.74

2.10

1.93

1.92

3.10

1.28

2.20

5.29

Ala

GCA

1.60

1.51

1.66

1.33

0.00

2.56

1.32

0.26

 

GCC

2.83

0.64

0.55

1.11

0.88

0.00

0.44

0.79

 

GCG

0.75

0.14

0.13

0.22

0.00

0.00

0.00

0.26

 

GCU

1.86

3.38

3.39

3.02

3.98

2.56

2.64

4.76

Gly

GGA

1.64

0.46

0.49

0.44

0.00

0.00

0.44

0.26

 

GGC

2.26

0.48

0.34

1.18

1.33

0.00

0.44

0.00

 

GGG

1.65

0.14

0.13

0.07

0.00

0.00

0.44

0.53

 

GGU

1.08

5.19

5.56

4.35

4.42

1.28

4.41

3.44

Val

GUA

0.71

1.04

1.19

0.59

0.00

1.28

0.88

0.79

 

GUC

1.46

0.89

0.77

0.96

2.65

2.56

1.76

0.79

 

GUG

2.86

0.77

0.68

1.03

0.88

1.28

2.20

0.26

 

GUU

1.10

7.18

7.41

6.63

7.52

3.85

7.49

5.29

Lys

AAA

2.40

3.25

3.70

1.33

2.65

2.56

1.32

3.70

 

AAG

3.22

2.25

2.29

1.77

1.77

0.00

1.76

4.23

Asn

AAC

1.92

1.27

1.05

2.28

0.44

0.00

0.88

2.38

 

AAU

1.67

4.88

4.73

6.19

3.54

3.85

3.96

4.50

Gln

CAA

1.2

1.97

1.89

2.58

1.77

5.13

0.44

1.59

 

CAG

3.44

1.03

0.76

1.69

0.00

0.00

2.20

3.70

His

CAC

1.50

0.39

0.39

0.52

0.44

0.00

0.00

0.27

 

CAU

1.07

1.50

1.6

1.03

0.88

1.28

2.64

1.06

Glu

GAA

2.89

2.20

2.35

1.55

3.10

1.28

1.32

2.12

 

GAG

4.00

1.12

1.17

0.66

0.44

0.00

1.32

2.38

Asp

GAC

2.55

1.19

1.2

1.03

2.21

1.28

1.32

0.79

 

GAU

2.2

4.27

4.67

3.10

1.33

2.56

0.88

5.56

Tyr

UAC

1.54

0.89

0.82

1.03

1.77

1.28

1.32

1.06

 

UAU

1.21

3.8

3.83

4.13

5.75

5.13

3.52

0.79

Cys

UGC

1.26

0.30

0.31

0.29

0.44

0.00

0.00

0.26

 

UGU

1.03

3.01

3.28

3.02

1.33

2.56

1.76

0.00

Phe

UUC

2.04

0.68

0.58

0.74

1.77

2.56

0.88

1.06

 

UUU

1.72

5.76

6.02

4.94

7.52

8.97

5.29

2.65

Ile

AUA

0.73

1.30

1.29

1.62

1.33

2.56

0.88

0.26

 

AUC

2.11

0.33

0.30

0.44

0.00

0.00

1.32

0.26

 

AUU

1.58

3.76

3.77

3.68

3.98

7.69

3.08

3.17

  1. a data obtained from GenBank Release 142.0 [28].
  2. b all values represent the percentage of a specified codon.
  3. c the highest value for each codon group is typed bold.