Comparisons of the M1 genome segments and encoded μ2 proteins of different reovirus isolates

Table 6 Codon-usage frequencies in reovirus for eight codons that are rare in mammals

		Frequencies of selected codons in coding sequences of:^a
			Mammalian genomes			Reovirus genomes			Individual reovirus genome segments (major protein encoded by each)
Codon	AA^b	Exp^c	Mus	Bos	Homo	T1L	T2J	T3D	L1 (λ3)	L2 (λ2)	L3 (λ1)	M1 (μ2)	M2 (μ1)	M3 (μNS)	S1 (σ1)	S2 (σ2)	S3 (σNS)	S4 (σ3)
ACG	Thr	0.25	0.11	0.13	0.11	0.23	0.30	0.24	0.17	0.28	0.22	0.27	0.17	0.16	0.30	0.38	0.26	0.20
CCG	Pro	0.25	0.11	0.12	0.11	0.17	0.20	0.17	0.12	0.20	0.15	0.27	0.20	0.14	0.18	0.25	0.07	0.11
CGU	Arg	0.17	0.09	0.08	0.08	0.20	0.22	0.24	0.22	0.19	0.14	0.25	0.19	0.31	0.12	0.16	0.21	0.29
CUA	Leu	0.17	0.08	0.09	0.08	0.15	0.13	0.14	0.18	0.13	0.14	0.19	0.09	0.18	0.16	0.09	0.05	0.16
GCG	Ala	0.25	0.10	0.11	0.11	0.24	0.26	0.26	0.29	0.22	0.30	0.31	0.15	0.16	0.25	0.30	0.10	0.29
GUA	Val	0.25	0.12	0.11	0.12	0.18	0.17	0.15	0.20	0.23	0.12	0.15	0.23	0.14	0.23	0.17	0.14	0.23
UCG	Ser	0.17	0.05	0.06	0.06	0.14	0.17	0.14	0.13	0.14	0.18	0.16	0.11	0.03	0.13	0.18	0.20	0.16
UUA	Leu	0.17	0.06	0.07	0.07	0.20	0.18	0.20	0.32	0.20	0.16	0.23	0.14	0.07	0.18	0.32	0.13	0.16
mean	-	0.21	0.09	0.10	0.09	0.19	0.20	0.19	0.22	0.20	0.19	0.21	0.18	0.16	0.21	0.22	0.16	0.18

^a As fraction of all codons for the particular amino acid. Bold, value higher than that in any of the indicated mammals; underlined, value more than double that in any of the indicated mammals.
^b Amino acid encoded by the codon
^c Expected frequency if codons for each amino acid are used randomly (assuming equal A, C, G, and U contents and no di- or trinucleotide bias).

ISSN: 1743-422X